1. Stwierdzenie nieważności ostatecznej decyzji jest instytucją szczególną, stanowiącą wyjątek od zasady trwałości decyzji administracyjnej. Przedmiotem postępowania wywołanego wnioskiem o stwierdzenie nieważności decyzji nie jest ponowne rozpoznanie sprawy, a jedynie zbadanie czy nie zaszły wyjątkowe okoliczności wskazane w art. 247§1 Ordynacji podatkowej.
2. Żaden przepis Ordynacji podatkowej nie wiąże przekazania sprawy do ponownego rozpoznania z koniecznością wszczynania na nowo postępowania podatkowego w sprawie. Zgodnie z art. 233§1 pkt. 2 Ordynacji podatkowej organ odwoławczy uchyla jedynie decyzję organu I instancji a nie całe postępowanie przed tym organem, nie ma więc potrzeby ponownego wydawania w trybie art. 165§2 Ordynacji podatkowej postanowienia o jego wszczęciu.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku Wydział I w składzie następującym: Przewodniczący sędzia NSA Mieczysław Markowski, Sędziowie sędzia NSA Janusz Lewkowicz (spr.), asesor WSA Urszula Barbara Rymarska, Protokolant Urszula Zajko, po rozpoznaniu w dniu 24 maja 2006 r. sprawy ze skargi "R." Spółka z o.o. w B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B. z dnia [...] października 2005 r. Nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w sprawie o podatek od towarów i usług oddala skargę.
Decyzją z dnia [...] sierpnia 2003 r. znak [...], [...] Urząd Skarbowy w B. dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiąc październik 2000 r. wobec "R." Spółki z o.o. w B. Organ podatkowy określił za miesiąc październik 2000 r. kwotę do zwrotu różnicy podatku od towarów i usług na rachunek bankowy w wysokości [...] zł w miejsce zadeklarowanej kwoty w wysokości [...] zł oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości [...] zł.
Po upływie terminu do złożenia odwołania Spółka złożyła wniosek o przywrócenie terminu do jego złożenia. Razem z wnioskiem Spółka złożyła odwołanie. Powyższy wniosek nie został uwzględniony przez Dyrektora Izby Skarbowej w B. oraz w toku postępowania sądowo-administracyjnego. Powyższe spowodowało, iż decyzja [...] Urzędu Skarbowego w B. z dnia [...] sierpnia 2003 r. stała się ostateczna.
W dniu 9 lutego 2005 r. "R." Spółka z o.o. w B. złożyła do Dyrektora Izby Skarbowej w B. wniosek o stwierdzenie nieważności decyzji [...] Urzędu Skarbowego w B. z [...] sierpnia 2003 r. Nr [...]. Strona zarzuciła, że przedmiotowa decyzja została wydana z naruszeniem przepisów o właściwości (art. 247 § 1 pkt. 1 Ordynacji podatkowej) oraz, że rażąco narusza prawo (art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej).
W uzasadnieniu wniosku Spółka podkreśliła, że [...] Urząd Skarbowy w B. był właściwy dla spraw, w których spółka była podatnikiem podatku VAT jedynie do dnia 15 kwietnia 2002 r. W tym dniu spółka zgłosiła na stosownych formularzach zmianę swojej siedziby z ul. [...] na ul. [...] w B., co spowodowało zmianę właściwości miejscowej organów podatkowych - z [...] na [...] Urząd Skarbowy w B. Zdaniem Spółki decyzja z dnia [...] sierpnia 2003 r. została wydana w postępowaniu podatkowym rozpoczętym przez [...] Urząd Skarbowy powiadomieniem z dnia 20 stycznia 2003 r. (po przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania decyzją Izby Skarbowej w B. z dnia [...] grudnia 2002 r.). W tej sytuacji zastosowanie w sprawie mają przepisy art. 18a i 18b Ordynacji podatkowej. Tak więc [...] Urząd Skarbowy w B. nie był właściwy dla orzekania w sprawie zwrotu podatku VAT za październik 2000 r., bo postępowanie w tej sprawie podjął w dniu 20 stycznia 2003 r., a więc w dniu, gdy nie był już właściwy. Bez znaczenia, w ocenie strony jest fakt, że organ ten w przeszłości tą sprawą się zajmował - gdy wydał decyzję z dnia [...] czerwca 2002 r. uchyloną decyzją z dnia [...] grudnia 2002 r. Właściwość tego urzędu wygasła z końcem prowadzonego przez niego postępowania, czyli w dniu 20 czerwca 2002 r. Zdaniem Spółki, po uchyleniu przez Izbę Skarbową decyzji [...] Urzędu Skarbowego z [...] czerwca 2002 r. i przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania postępowanie znalazło się w punkcie wyjścia i powinien je podjąć organ aktualnie właściwy według obowiązujących w danym czasie przepisów. Organem tym był [...] Urząd Skarbowy w B.