W skardze na powyższą decyzję J. W. podniósł, że przedstawione w uzasadnieniu decyzji wnioski i poglądy są niezgodne z przepisami obowiązującego prawa, ostatecznymi wyrokami sądów administracyjnych pozostających w obrocie prawnym oraz ze stanem faktycznym sprawy. Zdaniem skarżącego wyrok z dnia 4 grudnia 2007 r. nie jest rozstrzygnięciem zagadnienia wstępnego w sprawie prowadzonej przez Prezydenta Miasta K. Zdaniem J. W. zaskarżona decyzja narusza podstawowe zasady postępowania administracyjnego - zasadę działania organów administracyjnych zgodnie z obowiązującym prawem (art. 6 k.p.a.), zasadę dochodzenia prawdy obiektywnej (art. 7 k.p.a.) oraz zasadę czynnego udziału stron w każdym stadium postępowania administracyjnego (art. 10 § 1 k.p.a.).
W odpowiedzi na skargę Minister Skarbu Państwa wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uznał skargę za nieuzasadnioną.
Sąd wskazał, że "zagadnienie wstępne" to zagadnienie prawne o charakterze materialnym, które wyłoniło się w toku postępowania w sprawie administracyjnej i do którego rozstrzygnięcia nie jest właściwy organ prowadzący postępowanie, ale inny organ lub sąd i rozstrzygnięcie tego zagadnienia jest koniecznym warunkiem wydania decyzji przez organ administracji.
Sąd podzielił stanowisko Ministra Skarbu Państwa, że pismo skarżącego z dnia [...] 2007 r., nazwane wnioskiem o rozstrzygnięcie zagadnienia wstępnego, w istocie wniosku takiego nie zawiera. Zagadnieniem wstępnym w postępowaniu administracyjnym prowadzonym przez Prezydenta Miasta K. jest kwestia ważności umowy z dnia [...] 1998 r., Rep. A. [...], którą Minister Skarbu Państwa, częściowo tytułem wkładu, a częściowo jako darowizna, przekazał na rzecz [...] prawo własności działek wraz z budynkami o łącznej powierzchni 12 ha 40 ar 74 m - wywłaszczonych pod budowę Szpitala XXX - lecia PRL, która rozstrzygana była przez Sąd Okręgowy w Krakowie. Postępowanie toczące się przed Sądem Okręgowym w Krakowie, wszczęte z powództwa J. W. o stwierdzenie nieważności wskazanej umowy z dnia [...] 1998 r., stanowiło podstawę do zawieszenia z urzędu - na podstawie art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a. - postępowania w sprawie o zwrot wywłaszczonej nieruchomości. Z tych względów Sąd uznał, że zaskarżona decyzja nie narusza prawa. Sąd nie stwierdził także naruszenia przez organ art. 6, art. 7 i art. 10 § 1 k.p.a.
Skargę kasacyjną od powyższego wyroku wniósł J. W., reprezentowany przez radcę prawnego J. S. Wyrok zaskarżono w całości, zarzucając naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy:
1) art.151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, poprzez błędną i niepełną ocenę materiału dowodowego zawartego w aktach sprawy i przyjęcie, że zaskarżone postanowienie nie narusza prawa;