Zdaniem organu art. 33 ust. 6 Dyrektywy został w sposób prawidłowy implementowany w art. 82 u.p.a. Z wymienionego przepisu Dyrektywy nie wynika, że Państwa Członkowskie nie mogą unormować przedmiotowej kwestii tak jak to uczyniono w art. 82 u.p.a. Tym bardziej, że ograniczenie kręgu podmiotów, które mogą ubiegać się o zwrot akcyzy, tylko do podatników i podmiotów, które nabyły wyroby akcyzowe bezpośrednio od podatnika, umożliwia, jak wymaga tego Dyrektywa, skuteczną weryfikację zasadności wniosków o zwrot akcyzy i zapobiega nadużyciom w tym zakresie. Ustawa umożliwia więc uzyskanie zwrotu podatku akcyzowego uiszczonego w związku z dopuszczeniem wyrobu do konsumpcji, jeżeli w drugim państwie UE podatek stał się wymagalny i został pobrany w tym państwie członkowskim.
Mając na uwadze przedstawiony opis sprawy oraz wyżej przytoczone przepisy prawa podatkowego Minister Rozwoju i Finansów stwierdził, że w przypadku gdy Spółka będzie nabywała wyroby akcyzowe od podmiotu, który nie jest podatnikiem akcyzy, nie będzie mogła ubiegać się o zwrot akcyzy w związku z realizacją wewnątrzwspólnotowej dostawy wyrobów akcyzowych lub eksportu wyrobów akcyzowych, od których akcyza została zapłacona na terytorium kraju.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy uchylając zaskarżoną interpretację indywidualną wskazał, że istota sprawy sprowadza się do oceny poprawności stanowiska Ministra Rozwoju i Finansów, według którego strona skarżąca nie może otrzymać zwrotu akcyzy, gdyż nie dopełniła warunku określonego w art. 82 ust. 1 i ust. 2 u.p.a.
W ocenie Sądu zgodzić należy się ze skarżącą, że przepis art. 82 ust. 1 i ust. 2 u.p.a. ograniczył zakres podmiotowy osób uprawnionych do zwrotu akcyzy w stosunku do regulacji zawartych w przepisach prawa wspólnotowego, to jest w art. 33 ust. 1 i 6 dyrektywy Rady 2008/118, która nakazuje państwom członkowskim UE zwrot akcyzy zapłaconej w ich państwie członkowskim, jeżeli wyroby akcyzowe zostały przemieszczone do innego państwa członkowskiego.
Sąd wskazał, że zgodnie z art. 288 akapit trzeci Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana Dz. Urz. UE C 326 z 26.10.2012, s. 47) dyrektywa wiąże każde państwo członkowskie, do którego jest kierowana, w odniesieniu do rezultatu, który ma być osiągnięty, pozostawia jednak organom krajowym swobodę wyrobu formy i środków. Adresatami dyrektyw są zatem państwa członkowskie, które powinny dyrektywy transponować w krajowym porządku prawnym (tj. ustanowić przepisy, które będą stanowić odzwierciedlenie rozwiązań zawartych w dyrektywach) oraz implementować, czyli spowodować wykonanie spoczywających na państwach członkowskich z mocy dyrektyw obowiązków. Niekiedy jednak postanowienia dyrektyw mogą być dla podatników źródłem uprawnień (rozumianych też jako ograniczenie obowiązków). Aby postanowienie dyrektywy mogło być źródłem uprawnienia, musi ono być precyzyjne i bezwarunkowe. Jednostki mogą powoływać się na nie przed sądami krajowymi przeciwko państwu, jeżeli to państwo nie transponowało dyrektywy do prawa krajowego lub jeśli dokonało niewłaściwej transpozycji (por. punkt 33 postanowienia Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 5 lutego 2015 r. w sprawie C-275/14 Jednostka Innowacyjno - Wdrożeniowa PETROL s.c. Paczulski Maciej i Puławski Ryszard, dostępne w bazie LEX lub na stronie www.eur-lex.europa.eu). Znaczna część postanowień dyrektyw akcyzowych jest jasna i bezwarunkowa, a w konsekwencji może znaleźć bezpośrednie zastosowanie w toku postępowań toczących się przed organami podatkowymi czy sądami administracyjnymi. Możliwość bezpośredniego zastosowania przepisu wspólnotowego przez sąd w sytuacji niezgodności przepisu krajowego z przepisem dyrektywy wynika również z zasady nadrzędności prawa wspólnotowego oraz z zasady bezpośredniego skutku tego prawa.