Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Joanna Kabat-Rembelska Sędzia NSA Andrzej Skoczylas Sędzia del. WSA Ewa Cisowska-Sakrajda (spr.) Protokolant starszy asystent sędziego Michał Stępkowski po rozpoznaniu w dniu 7 czerwca 2018 r. na rozprawie w Izbie Gospodarczej skargi kasacyjnej A od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 9 listopada 2017 r. sygn. akt I SA/Sz 769/17 w sprawie ze skargi A na decyzję Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego z dnia [...] września 2014 r. nr [...] w przedmiocie zwrotu dofinansowania ze środków z budżetu Unii Europejskiej 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od A na rzecz Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego 2700 (dwa tysiące siedemset) złotych tytułem kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 9 listopada 2017r., sygn. akt I SA/Sz 769/17, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie oddalił skargę A na decyzję Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego z dnia [...] września 2014r. w przedmiocie zwrotu środków otrzymanych w ramach umowy o dofinansowanie projektu wraz z odsetkami.
Przedstawiając przyjęty za podstawę wyroku stan sprawy - Sąd I instancji wskazał, że wyrokiem z dnia 5 czerwca 2015r., sygn. akt I SA/Sz 1377/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie uchylił decyzję Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego z dnia [...] września 2014r. w przedmiocie zwrotu środków oraz poprzedzającą ją decyzję Zarządu Województwa Zachodniopomorskiego z dnia [...] kwietnia 2014r. oraz zasądził od organu na rzecz skarżącego zwrot kosztów postępowania sądowego. Uzasadniając ten wyrok Sąd I instancji uznał, że w tej sprawie zasadnym było powołanie i odniesienie się w treści rozstrzygnięcia do opinii wydanych przez doradcę podatkowego i argumentacji w nich zawartej, która dotyczyła zasad odliczeń częściowych oraz korekt wieloletnich podatku naliczonego. Sąd podniósł również, że IZ co do zasady nie zajmuje się orzekaniem w sprawach podatkowych, a opinię wydał podmiot zewnętrzny na zlecenie organu, co może oznaczać, że skomplikowane sprawy wieloletnich korekt i odliczeń VAT nie stanowią materii, w której IZ swobodnie się porusza. Zdaniem Sądu I instancji przekonanie co do swobodnego poruszania się IZ w zakresie podatku VAT, na poziomie porównywalnym jak powołany przez organ ekspert w zakresie prawidłowej interpretacji przepisów ustawy podatkowej, może budzić wątpliwości. Stopień skomplikowania przepisów o podatku od towarów i usług w zakresie odliczeń częściowych oraz korekt wieloletnich podatku naliczonego, jak również okoliczność, że przepisy podatkowe nie są regulacjami, które IZ stosuje "na co dzień", uzasadnia zdaniem Sądu przyjęcie, że zasady odliczeń częściowych oraz korekt wieloletnich podatku naliczonego mają dla organu charakter wiadomości specjalnych w rozumieniu art. 84 k.p.a. Nie podzielając tego stanowiska Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 17 maja 2017r., sygn. akt II GSK 2610/15, uchylił ten wyrok i przekazał sprawę Sądowi I instancji do ponownego rozpoznania.
Ponownie rozpoznając sprawę Sąd I instancji wskazał, że skarżący w dniu [...] lutego 2010r. zawarł z Województwem Zachodniopomorskim - reprezentowanym przez Zarząd Województwa Zachodniopomorskiego, pełniącym na podstawie art. 25 pkt 1 ustawy z dnia 6 grudnia 2006r. o zasadach prowadzenia polityki rozwoju (Dz. U. z 2009r. nr 84, poz. 712 ze zm.), zwanej z.p.p.r., rolę Instytucji Zarządzającej Regionalnym Programem Operacyjnym Województwa Zachodniopomorskiego na lata 2007-2013 - umowę o dofinansowanie na realizację projektu pn. "[...]", Oś priorytetowa 1 "Gospodarka - Innowacje - Technologie", Działanie 1.1 "Wzrost konkurencyjności przedsiębiorstw poprzez innowacyjne inwestycje", Poddziałanie 1.1.3 "Inwestycje MSP w nowe technologie". Skarżący, składając wniosek o dofinansowanie, oświadczył, że nie może odzyskać poniesionego w ramach realizacji dofinansowanego projektu podatku VAT. Jednocześnie zobowiązał się do zwrotu zrefundowanej w ramach projektu części poniesionego podatku VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku zgodnie z ustawą z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011r. nr 177, poz. 1054 ze zm.), zwaną ustawą o VAT. Zobowiązał się również, zgodnie z § 4 ust. 5 umowy o dofinansowanie, do składania do IZ aktualizacji oświadczenia o kwalifikowalności podatku VAT, w terminie do dnia 31 grudnia każdego roku przez okres od dnia zawarcia umowy do 5 lat od zakończenia realizacji projektu. Jednakże oświadczenia te za 2010r. i 2011r. złożył po terminie, na wezwanie organu. W oświadczeniu z dnia [...] lutego 2012r. poinformował, że prowadzi również działalność podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT, tj. badania weterynaryjne oraz testy na ojcostwo, a działalność ta podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług od dnia wejścia w życie ustawy z dnia 29 października 2010r. o zmianie przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2010r. nr 226, poz. 1476), czyli od dnia 1 stycznia 2011r. Beneficjent wskazał również, że jest czynnym płatnikiem podatku VAT od czerwca 2009r. w związku z prowadzaniem działalności we wskazanym wyżej zakresie oraz, że wszystkie zakupy realizowane w ramach projektu dokonywane były w związku ze sprzedażą na stawce podatku VAT zwolnionej z zasad opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a wydatki poniesione w ramach projektu mają odzwierciedlenie w ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych w wartości brutto. W związku tym wszystkie faktury VAT wystawione w związku z realizacją projektu zostały ujęte w rejestrze VAT. Beneficjent, w ramach realizowanego, projektu, nabył również nieruchomość, a także przeprowadził szereg prac budowlanych związanych z jej adaptacją na potrzeby prowadzonej działalności. O ile w ramach zadania nr 1, wydatek nr 1 pn. "[...]" nie poniesiono kosztów podatku VAT, to w ramach wydatku nr 2 pn. "[...]", beneficjent, uznając brak możliwości odzyskania poniesionego podatku VAT, przedstawił koszt poniesionego podatku VAT w wysokości 73.751,57 zł jako kwalifikowalny do objęcia wsparciem. Beneficjent wskazał także, że ten środek trwały służy do wykonywania zarówno czynności opodatkowanych, jak i zwolnionych z podatku VAT. Biorąc pod uwagę powyższe, IZ RPO WZ uznała, że na podstawie art. 90 ustawy o VAT, wskazującego na możliwość częściowego odliczenia podatku od towarów i usług, beneficjent miał możliwość odzyskania części podatku VAT naliczonego w związku z przeprowadzonymi w ramach realizacji projektu robotami ogólnobudowlanymi, z uwagi na fakt prowadzenia opodatkowanej działalności w lokalu nabytym w ramach realizacji projektu. W odpowiedzi na informacje organu skarżący wyjaśnił, że w okresie realizacji projektu pn. "[...]", tj. w latach 2009 i 2010 świadczył usługi zwolnione z podatku VAT. Beneficjent wskazał także, że zmiana przepisów ustawy o VAT, w wyniku której został nałożony obowiązek opodatkowania podatkiem VAT usług z zakresu badań DNA w celu ustalenia ojcostwa i przeprowadzania badań weterynaryjnych, nastąpiła na długo po zakończeniu tego projektu, w związku z tym korekta deklaracji nie miała miejsca, a korekty złożone przez beneficjenta za lata 2009, 2010 i 2011 dotyczyły jedynie wartości amortyzacji, a przez to wartości kosztów uzyskania przychodów i dochodów. Beneficjent wyjaśnił nadto, że jedynie omyłkowo w oświadczeniu dotyczącym statusu podatnika od towarów i usług z dnia [...] lutego 2012r. nie wskazał wydatków na zakup robót ogólnobudowlanych i instalacyjnych związanych z adaptacją nieruchomości. W poprawionym oświadczeniu beneficjent ujął jednakże wszystkie wydatki projektu, w ramach których poniesiono koszt podatku VAT uznany przez IZ RPO WZ za kwalifikowalny do objęcia wsparciem jako niemożliwy do odzyskania oświadczając, iż podatek ten nie był odliczany. Beneficjent oświadczył, że w laboratorium wyremontowanym w latach 2011-2012, oprócz badań DNA dla celów ustalenia ojcostwa opodatkowanych stawką 23 %, wykonywano badania histopatologiczne i patomorfologiczne dla celów weterynaryjnych opodatkowane stawką 23 %, pozostałe usługi były zwolnione z podatku VAT. Jednocześnie beneficjent przedstawił proporcje sprzedaży jaka miała miejsce w latach 2009-2012.