Przeniesienie ciężaru oceny zgodności prawa krajowego z prawem wspólnotowym nastąpiło w sposób nieodpowiadający wskazaniom co do dalszego postępowania, o jakich mowa w końcowej części art. 141 § 4 p.p.s.a. Jeżeli w wyniku uwzględnienia skargi sprawa ma być ponownie rozpatrzona przez organ administracji, uzasadnienie powinno zawierać wskazania co do dalszego postępowania. Wskazania te powinny być konkretne i jednoznacznie sformułowane, tak aby w ponowionym na skutek wyroku postępowaniu umożliwić organowi administracji usunięcie wszystkich uchybień prawa, z powodu których Sąd uchylił zaskarżoną decyzję oraz - w następstwie tego - doprowadzenie w sprawie do pełnej i niewątpliwej zgodności z prawem (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 listopada 2006 r., sygn. akt II OSK 1334/05, niepubl.). Brak stanowiska co do dopuszczalności stanowienia przepisów nakładających obowiązki podatkowe w okolicznościach i pod warunkami określonymi w art. 3 ust. 3 Dyrektywy horyzontalnej nie odpowiada tak rozumianym wymogom. Nie można też odmówić słuszności stanowisku Dyrektora Izby Celnej we W., że formułowane w niniejszej sprawie wskazania co do dalszego postępowania powinny odpowiadać wiążącej ocenie prawnej o jakiej mowa wart. 153 p.p.s.a. W przeciwnym wypadku nie byłby spełniony postulat efektywności wskazań co do dalszego postępowania odnoszących się do wykładni i stosowania prawa materialnego.
Zaskarżony wyrok, z wymienionych przyczyn uchylono na podstawie art. 185 § 1 p.p.s.a.
O kosztach postępowania Naczelny Sąd Administracyjny orzekł na podstawie art. 209 p.p.s.a. w związku z art. 203 pkt 2 p.p.s.a. i art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz na podstawie § 14 ust. 2 pkt 2 lit. a) w związku z § 14 ust. 2 pkt 1 lit. a) w związku z § 6 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów nieopłaconej pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz. U. Nr 163, poz. 1349 ze zm.) i zasądził od skarżącej spółki na rzecz organu kwotę 8649 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego, przy czym na kwotę tę składają się koszty pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego, który sporządził skargę kasacyjną, brał udział w rozprawie przed Naczelnym Sądem Administracyjnym i nie prowadził sprawy przed Sądem pierwszej instancji (7200 zł) oraz równowartość wpisu sądowego od skargi kasacyjnej (1449 zł).