Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia NSA Hieronim Sęk, Sędzia NSA Marek Kołaczek (spr.), , po rozpoznaniu w dniu 26 sierpnia 2021 r. na posiedzeniu niejawnym w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 19 listopada 2020 r. sygn. akt I SA/Kr 775/20 w sprawie ze skargi P. sp. z o.o. S.K.A. w K. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 30 czerwca 2020 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Krakowie, 2) zasądza od P. sp. z o.o. S.K.A. w K. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie kwotę 4800 (słownie: cztery tysiące osiemset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 19 listopada 2020 r., sygn. akt I SA/Kr 775/20 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w sprawie ze skargi P. Sp. z o. S.K.A. z siedzibą w K. (skarżąca) na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 30 czerwca 2020 r. r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2013 r. uchylił zaskarżoną decyzję oraz zasądził na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania (ww. wyrok oraz inne orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu opublikowane zostały w bazie internetowej NSA: www.orzeczenia.nsa.gov.pl).
Przedstawiając stan sprawy Sąd pierwszej instancji wskazał, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej Krakowie decyzją z dnia 30 czerwca 2020 r., utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego K. z dnia 29 października 2019 r., określającą skarżącej zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia do grudnia 2013 r. Organy podatkowe zakwestionowały w trybie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., Nr 177, poz. 1054 z późn. zm. dalej: "u.p.t.u.") prawo skarżącej do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez A. Sp. z o.o., oraz M. Sp. z o.o. z tego względu, że faktury te nie dokumentowały rzeczywistych transakcji, a ich wystawcy nie prowadzili rzeczywistej działalności gospodarczej.
Organ podatkowy, wskazał, że doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2018 r. poz. 800 ze zm. dalej: "O.p."). W rozpatrywanej sprawie w dniu 30 maja 2016 r. zostało wszczęte postępowanie karne skarbowe w sprawie o przestępstwo z art. 56 Kks. Następnie organ podatkowy, działając na podstawie art. 70c O.p. pismem z dnia 18 października 2017 r. r. poinformował podatnika o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia ww. zobowiązania na skutek przesłanki, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 1 O.p.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu uznał skargę za zasadną. Sąd ten stwierdził, że organy błędnie uznały, że w sprawie doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych z uwagi na wszczęcie przez Prokuraturę Regionalną w W. w dniu 30 maja 2016 r. postępowania karnoskarbowego sygn. [...] . Sąd pierwszej instancji uznał, że z treści tego postanowienia wynika, że śledztwo wszczęto w sprawie zarzutów stawianych firmie A. a nie skarżącej spółce, oznacza to, zdaniem Sądu, że przedmiotowe postanowienie jak i zawiadomienie dokonane w trybie art. 70c O.p. nie mogło wywrzeć zamierzonego skutku, bowiem nie odnosiło się do skarżącej i nie dotyczyło zobowiązania podatkowego, które nie zostało wykonane.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie złożył skargę kasacyjną od powyższego wyroku zaskarżając go w całości. Wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia sądowi I instancji oraz zasądzenie kosztów postępowania kasacyjnego w tym kosztów zastępstwa procesowego. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono naruszenie: