Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Arkadiusz Cudak, Sędzia NSA Sylwester Marciniak (spr.), Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 26 listopada 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Urzędu Skarbowego W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 13 lutego 2014 r. sygn. akt III SAB/Wa 45/13 w sprawie ze skargi X. Sp. z o. o. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w przedmiocie dokonania zwrotu kwot podatku od towarów i usług za kwiecień i maj 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) oddala skargę, 3) zasądza od X. Sp. z o. o. z siedzibą w W. na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego W. kwotę 340 (słownie: trzysta czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok sądu pierwszej instancji (k. 32 i 34-39 akt)
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 13 lutego 2014 r., sygn. akt III SAB/Wa 45/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (dalej: sąd pierwszej instancji), po rozpoznaniu skargi X. sp. z o.o. w W. (dalej: skarżąca lub spółka) na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (dalej: organ podatkowy) w przedmiocie dokonania zwrotu kwot podatku od towarów i usług za kwiecień i maj 2013 r., zobowiązał organ podatkowy do załatwienia wniosku skarżącej o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikający z deklaracji VAT-7 za kwiecień i maj 2013 r., w terminie jednego miesiąca od dnia doręczenia organowi akt administracyjnych sprawy wraz z odpisem prawomocnego wyroku, stwierdził, że w rozpoznanej sprawie bezczynność miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, wymierzył organowi grzywnę w wysokości 2 000 zł oraz zasądził na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.
1.2. W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku sąd pierwszej instancji wskazał, że w sprawie spółka złożyła deklaracje podatkowe, wykazując w nich nadwyżki podatku naliczonego do zwrotu bezpośredniego. Organ w terminie do dokonania zwrotu nadwyżki nie przedłużył tego terminu oraz nie dokonał zwrotu, a następnie kwoty nadwyżki do zwrotu zostały zajęte w postępowaniu zabezpieczającym (dotyczącym podatku od towarów i usług za wrzesień 2012 r.).
1.3. Sąd pierwszej instancji, odwołując się do art. 87 ust. 2 i art. 99 ust. 1 i 12 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: u.p.t.u.) oraz art. 21 § 3 i 3a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2012 r., poz. 749 ze zm., dalej: o.p.) stwierdził, że choć organ może przedłużyć termin zwrotu w celu skontrolowania prawidłowości wykazanego zwrotu, to przedłużenie takie może nastąpić wyłącznie przed upływem terminu do zwrotu podatku. Po upływie tego terminu organ jest obowiązany dokonać zwrotu lub wydać decyzję na podstawie art. 21 § 3 lub 3a o.p., określając wysokość zwrotu (lub zobowiązania) w prawidłowej wysokości. Zdaniem sądu jeżeli organ nie wyda postanowienia w sprawie przedłużenia terminu do zwrotu deklarowanej przez podatnika nadwyżki, to obowiązany jest sprawę zwrotu rozstrzygnąć decyzją - w przypadku, gdy odmowa zwrotu kwoty nadwyżki następuje z uwagi na jej zajęcie w postępowaniu zabezpieczającym, powinna ona zostać dokonana także w formie decyzji rozstrzygającej o odmowie zwrotu na czas trwania zabezpieczenia, gdyż orzeczenie w tym zakresie rozstrzyga w przedmiocie materialnoprawnego uprawnienia podatnika do uzyskania zwrotu nadwyżki podatku, która przysługuje mu na podstawie art. 87 ust. 2 u.p.t.u. Podstawą prawną takiego orzeczenia będą przepisy art. 207 o.p.