Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Krystyna Chustecka (spr.), Sędzia del. WSA Maja Chodacka, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 3 listopada 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "D." spółki z o. o. z siedzibą w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 19 lutego 2014 r. sygn. akt I SAB/Wr 13/13 w sprawie ze skargi "D. " spółki z o. o. z siedzibą w P. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w K. w przedmiocie niedokonania zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2006 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od "D." spółki z o. o. z siedzibą w P. na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego w K. kwotę 240 (słownie: dwieście czterdzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 19 lutego 2014 r., sygn. akt I SAB/Wr 13/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę na "D." spółki z o.o. z siedzibą w P. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego w K. w zakresie niedokonania zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2006 r.
Ze stanu sprawy przyjętego przez Sąd I instancji wynikało, że decyzją z dnia 31 stycznia 2013 r., Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił Spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. Postanowieniem z dnia 27 lutego 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. nadał wskazanej decyzji z dnia 31 stycznia 2013 r. rygor natychmiastowej wykonalności. Postanowieniem z dnia 20 marca 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. zaliczył na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. m.in. nadpłatę w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2006 r. Postanowienie to nie zostało zaskarżone przez Spółkę.
W wyniku odwołania od decyzji w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r., Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z dnia 12 czerwca 2013 r. uchylił decyzję z dnia 31 stycznia 2013 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Spółka pismem z dnia 4 lipca 2013 r. wniosła o wznowienie postępowania w sprawie zaliczenia zwrotu podatku od towarów i usług za kwiecień 2011 r., uchylenie postanowienia Naczelnika Urzędu Skarbowego w K. z dnia 20 marca 2013 r. w sprawie zaliczenia tego zwrotu oraz umorzenie postępowania z uwagi na jego bezprzedmiotowość oraz wezwała organ do dokonania zwrotu.
Odrębnym pismem z dnia 8 sierpnia 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K., w związku z żądaniem pełnomocnika strony zwrotu nadpłaty, poinformował, że z uwagi brzmienie art. 77 § 3 Ordynacji podatkowej (Dz. U. z 2012r., poz. 749 ze zm.) brak jest wymagalnej nadpłaty.
Postanowieniem z dnia 8 sierpnia 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. uchylił postanowienie z dnia 20 marca 2013 r., informując o braku podstaw do zwrotu wymaganej nadpłaty.
Następnie decyzją z dnia 14 sierpnia 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. określił Spółce przybliżoną kwotę zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. oraz przybliżoną kwotę odsetek za zwłokę z tytułu niezapłaconych w terminie zaliczek na podatek oraz orzekł o zabezpieczeniu.
W dniu 22 sierpnia 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. wydał zarządzenie zabezpieczenia, na podstawie którego organ egzekucyjny dokonał zajęcia wierzytelności z tytułu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. Pismem z dnia 9 września 2013 r. Spółka wniosła zarzuty w sprawie prowadzenia postępowania zabezpieczającego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. dotyczące wadliwości doręczenia decyzji o zabezpieczeniu. Postanowieniem z dnia 13 września 2013 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w K. uznał zarzuty Spółki za zasadne.