Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Krystyna Chustecka (sprawozdawca), Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia WSA (del.) Roman Wiatrowski, Protokolant Dariusz Rosiak, po rozpoznaniu w dniu 6 lipca 2011 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej S. Spółka z o. o. w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 23 marca 2010 r. sygn. akt I SA/Wr 1929/09 w sprawie ze skargi S. Spółka z o. o. w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 10 lipca 2009 r. nr [...] w przedmiocie odmowy uchylenia decyzji ostatecznej 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od S. Spółka z o. o. w S. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w W. kwotę 180 zł (słownie: sto osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 23 marca 2010 r., sygn. akt I SA/Wr 1929/09 Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu oddalił skargę S. sp. z o.o. z siedzibą w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 10 lipca 2009r. w przedmiocie odmowy uchylenia decyzji ostatecznej.
Z przedstawionego przez Sąd I instancji stanu sprawy wynikało, że zaskarżoną decyzją utrzymano w mocy decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 6 maja 2009r. odmawiającą uchylenia decyzji ostatecznej z dnia 27 stycznia 2009r. Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że wyżej wymienioną decyzją ostateczną Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 października 2008r. w zakresie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług od stycznia do grudnia 2004r. oraz uchylił tę decyzję w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego.
W dniu 2 marca 2009 r. wpłynął wniosek Spółki w przedmiocie wznowienia postępowania podatkowego. W uzasadnieniu wniosku wskazano na wystąpienie przesłanek z art. 240 § 1 pkt 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2005r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) . Spółka podniosła ,iż nie z własnej winy nie brała udziału w postępowaniu, konkretnie w jego części dotyczącej wykonania praw wniesienia zarzutów lub wyjaśnień do protokołu kontroli. Pełnomocnik Spółki wskazał, że protokół kontroli z dnia 1 sierpnia 2008r. nie został doręczony mu osobiście , lecz do kancelarii w dniu 20 sierpnia 2008r., w czasie, gdy był on wyłączony z możliwości podjęcia czynności wniesienia zastrzeżeń do tego protokołu z uwagi na stan zdrowia.
Postanowieniem z dnia 20 marca 2009r. organ I instancji wznowił postępowanie podatkowe, a następnie decyzją z dnia 6 maja 2009r. odmówił uchylenia decyzji będącej przedmiotem wniosku. Podkreślił, że niezłożenie zastrzeżeń do protokołu na etapie postępowania kontrolnego lub tuż po jego zakończeniu nie zamyka stronie drogi do uczestnictwa w postępowaniu podatkowym, gdyż w każdym stadium postępowania strona może uzupełniać materiał dowodowy, rozwijając zarzuty oraz podnosząc nowe. Stwierdzono, że z akt sprawy wynika, że strona brała czynny udział w postępowaniu podatkowym. W następstwie wydanego postanowienia, w dniu 29 września 2008r. po zapoznaniu się z materiałem, pełnomocnik strony złożył pismo, w którym odniósł się do ustaleń protokołu kontroli i zgłosił wnioski dowodowe. Decyzja organu I instancji została doręczona pełnomocnikowi w dniu 30 października 2008r. od której złożył odwołanie. W trakcie postępowania odwoławczego strona działająca przez pełnomocnika miała również możliwość wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Pełnomocnik w dniu 2 marca 2009r. złożył skargę na decyzję objętą wnioskiem. Z powyższego wynikało, że strona działająca przez pełnomocnika wiedziała o toczącym się postępowaniu i miała możliwość uczestnictwa w tym postępowaniu.