Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Izabela Najda-Ossowska, Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 24 marca 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej K. spółki z o.o. w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z dnia 30 grudnia 2014 r. sygn. akt I SAB/Ol 18/14 w sprawie ze skargi K. spółki z o.o. w L. w przedmiocie przewlekłego prowadzenia przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. (obecnie Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O.) postępowania kontrolnego w sprawie podatku od towarów i usług za okres od lutego do kwietnia 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Olsztynie, 2) zasądza od Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w O. na rzecz K. spółki z o.o. w L. kwotę 380zł (słownie: trzysta osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami.
1.1. Wyrokiem z dnia 30 grudnia 2014 r. sygn. akt I SAB/Ol 18/14 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie oddalił skargę K. Sp. z o.o. w L. w przedmiocie przewlekłego prowadzenia przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. postępowania kontrolnego w sprawie podatku od towarów i usług za okres od lutego do kwietnia 2013 r.
1.2. Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. wszczął u Podatnika postępowanie kontrolne postanowieniem z dnia 12 czerwca 2013 r. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług z tytułu transakcji zakupu granulatu złota i srebra za poszczególne okresy rozliczeniowe od lutego do kwietnia 2013 r. Spółka odebrała postanowienie w dniu 13 czerwca 2013 r.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. postanowieniami kolejno z dnia: 8 sierpnia 2013 r., 26 listopada 2013 r., 24 lutego 2014 r., 23 maja 2014 r. i 14 sierpnia 2014 r., powołując się na art. 140 § 1 i art. 216 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2012 r. poz. 749 ze zm., dalej powoływana jako "O.p.") w związku z art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2011 r. nr 41 poz. 214 ze zm., dalej powoływana jako "u.k.s."), przedłużał termin zakończenia kontroli. Każdorazowo wskazywał, że przyczyną przedłużenia kontroli podatkowej i postępowania kontrolnego jest gromadzenie materiału dowodowego oraz dokonanie jego szczegółowej analizy i oceny, w celu ustalenia stanu faktycznego sprawy, w tym oczekiwanie na odpowiedź od czeskiej administracji podatkowej, jak też rezultaty kontroli u kontrahentów kontrolowanej Spółki.
Skarżąca złożyła ponaglenie na niezałatwienie sprawy (postępowania kontrolnego) we właściwym terminie, skierowane do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, który w postanowieniu z dnia 8 stycznia 2014 r. stwierdził, że ponaglenie nie jest uzasadnione.
2. Skarga do Sądu pierwszej instancji.
2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie Spółka wniosła o:
1. stwierdzenie przez Sąd, iż bezczynność oraz przewlekłe prowadzenie postępowania ma miejsce z rażącym naruszeniem prawa,
2. wyznaczenie ostatecznego terminu załatwienia sprawy przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w terminie zapobiegającym upadłości Strony,
3. wskazanie osób odpowiedzialnych za nieterminowe załatwienie sprawy oraz orzeczenie o odpowiedzialności tych osób na podstawie art. 142 O.p.,
4. zasądzenie na rzecz Skarżącej od organu kosztów postępowania sądowego według norm prawem przepisanych, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
Spółka zarzuciła organowi naruszenie przepisów prawa materialnego i postępowania, w szczególności art. 139, art. 121, art. 125 § 1 i § 2 O.p. oraz art. 13b ust. 1 u.k.s. w zw. z art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. 2011 r. nr 177 poz. 1054 ze zm., dalej powoływana jako "u.p.t.u."), poprzez: