Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Małgorzata Niezgódka - Medek, Sędzia WSA (del.) Maja Chodacka (spr.), Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 7 czerwca 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 10 grudnia 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 1780/14 w sprawie ze skargi C. sp. z o. o. z siedzibą w W. na postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia 14 lutego 2014 r., nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu różnicy w podatku od towarów i usług za lipiec 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od C. sp. z o. o. z siedzibą w W. na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. kwotę 280 (słownie: dwieście osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 10 grudnia 2014r., sygn. akt III SA/Wa 1780/14 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. z dnia 14 lutego 2014r. nr [...] w przedmiocie przedłużenia terminu dokonania zwrotu różnicy w podatku od towarów i usług za lipiec 2013r.; stwierdził, że zaskarżone postanowienie nie może być wykonane w całości oraz zasądził od Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. na rzecz C. Sp. z o.o. w W. kwotę 357 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Z uzasadnienia zaskarżonego wyroku wynika, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w W., postanowieniem z 14 lutego 2014r. przedłużył 60-cio dniowy termin dokonania zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 2 700 000 zł, wykazanej w korekcie deklaracji VAT-7 za lipiec 2013r., na rzecz C. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (zwanej dalej "spółką"), do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.
Uzasadniając powyższe organ powołał się na art. 87 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011r. nr 177, poz. 1054 ze zm.) i wskazał, że z uwagi na fakt, iż rozpoczęte czynności sprawdzające, mające na celu sprawdzenie prawidłowości i rzetelności wykazanych transakcji, nie zostały zakończone, postanowieniem z 3 października 2013r. przedłużył do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia termin dokonania zwrotu różnicy podatku od towarów i usług w kwocie 2 700 000 zł, wykazanej w deklaracji VAT-7 za lipiec 2013r. Dyrektor Izby Skarbowej w W., postanowieniem z 23 grudnia 2013r. utrzymał ww. postanowienie w mocy.
Organ wyjaśnił, że w ramach czynności sprawdzających, na podstawie analizy rejestru wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, ustalono, iż w lipcu 2013r. spółka dokonała dostaw armatury łazienkowej, oświetlenia, elementów wykończenia wnętrz na rzecz N[...] s.r.o. z siedzibą na Słowacji. Działając w oparciu o Rozporządzenie Rady (WE) NR 904/2010 z dnia 7 października 2010r. w sprawie współpracy administracyjnej oraz zwalczania oszustw w dziedzinie podatku od wartości dodanej, celem zweryfikowania poprawności i rzetelności wykazanych przez spółkę w rozliczeniu dla potrzeb podatku od towarów i usług za lipiec 2013r. wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów, dokonanych na rzecz słowackiego kontrahenta, został wysłany wniosek do słowackiej administracji podatkowej o udzielenie szczegółowych informacji na temat przeprowadzonych przez spółkę transakcji. Do dnia wydania postanowienia nie wpłynęła odpowiedź na powyższe pismo. Wobec powyższego organ uznał, że na dzień wydania zaskarżonego postanowienia, tj. 14 lutego 2014r., prowadzone czynności sprawdzające nie dały podstaw do zwrotu podatku VAT. Organ podkreślił, że 9 stycznia 2014r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. wszczął kontrolę podatkową oraz postępowanie kontrolne w spółce, w zakresie zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług za okres lipiec - sierpień 2013r. Wszystko powyższe uzasadniało, zdaniem Naczelnika Urzędu Skarbowego w W., wydanie zaskarżonego postanowienia.