Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia NSA Marek Kołaczek (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Tomasz Kolanowski, Protokolant Dariusz Rosiak, po rozpoznaniu w dniu 6 października 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej A. P. A. - K. & A. spółka z o.o. w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 14 grudnia 2007 r. sygn. akt III SA/Wa 865/07 w sprawie ze skargi A. P. A. - K. & A. spółka z o.o. w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej przy Ministrze Finansów z dnia 9 lutego 2007 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji dotyczącej podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2001 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od A. P. A. - K. & A. spółka z o.o. w W. na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej przy Ministrze Finansów kwotę 180 zł. (słownie: sto osiemdziesiąt złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 14 grudnia 2007 r., sygn. akt III SA/Wa 865/07, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę "A." sp. z o.o. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej przy Ministrze Finansów z dnia 9 lutego 2007 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2001 r.
Z akt sprawy wyłania się następujący przebieg postępowania. Pismem z dnia 7 lipca 2006 r. Skarżąca zwróciła się na podstawie art. 247 § 1 pkt 2, 3 i 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, ze zm.; dalej powoływanej jako "Ordynacja podatkowa") o stwierdzenie nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 22 lutego 2006 r. określającej zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za miesiące styczeń - grudzień 2001r., a to z uwagi na jej wydanie z rażącym naruszeniem prawa materialnego.
W uzasadnieniu wniosku Skarżąca wyjaśniła, że w powołanej wyżej decyzji zakwestionowano odliczenie podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez "G." J. B., "C." A. D., "A." P. S., M. S., "G." G. G., które to faktury, w ocenie organu podatkowego stwierdzały czynności, które nie zostały dokonane. Tymczasem zdaniem Skarżącej konkluzja taka przeczy - wymienionym przez nią szczegółowo - faktom. Podniosła m.in., że zobowiązania wynikające ze spornych faktur zostały przez nią uregulowane w pełnej wysokości, zaś czynności zlecone wskazanym wyżej podmiotom wykonane. Bez wpływu na prawo do odliczenia pozostaje natomiast fakt, iż czynności opisanych na fakturach ich wystawcy nie wykonali osobiście.
Odnosząc się do zakwestionowanego przez organ podatkowy odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez R. M. C. i W. E. S. Skarżąca podniosła, iż w przypadku wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego łączącego ją z tymi podmiotami organ podatkowy obowiązany był wystąpić do sądu powszechnego o ustalenie istnienia lub nieistnienia tego stosunku prawnego na podstawie art. 199a § 3 Ordynacji podatkowej, czego w niniejszej sprawie nie uczyniono.
Skarżąca odniosła się również do zakwestionowanego przez organ podatkowy odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez PPUH R. A. C., który to podmiot nie złożył zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R i nie był zdaniem organów kontrolnych uprawniony do wystawiania faktur. Podkreśliła mianowicie, że nie może ją obciążać fakt, iż organ podatkowy - mimo składanych przez A. C. - deklaracji VAT-7 nie zauważył i nie nakłonił jej do dokonania zgłoszenia rejestracyjnego.
Decyzją z dnia 31 października 2006 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej odmówił stwierdzenia nieważności decyzji z dnia 22 lutego 2006 r., uznając, że ww. decyzja nie jest dotknięta wadami wymienionymi w art. 247 § 1 pkt 2, 3 i 5 Ordynacji podatkowej.