Jedynie stwierdzenie naruszenia prawa, które daje podstawę do wznowienia postępowania, zobowiązuje Wojewódzki Sąd Administracyjny do uwzględnienia skargi.
Zakres przesłanek z art. 145 par. 1 pkt 1 lit. "b" ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270 ze zm./ jest bowiem węższy niż podstawy do wznowienia postępowania określonego w art. 240 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 20 stycznia 2006 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "PPE" Spółki z o.o. w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 6 października 2004 r. III SA 483/03 w sprawie ze skargi "PPE" Spółki z o.o. w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 4 lutego 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie o podatek od towarów i usług - oddala skargę kasacyjną; (...).
Wyrokiem z dnia 6 października 2004 r., III SA 483/03, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę "PPE" Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej przy Ministrze Finansów z dnia 4 lutego 2003 r., (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w sprawie o podatek od towarów i usług.
W uzasadnieniu wyroku Sąd przedstawił, że Inspektor Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w P. w decyzji z dnia 18 lipca 2001 r., (...) w sprawie określenia podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2000 r. oraz ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w tym podatku za powyższe okresy uznał między innymi, że podatnik naruszył art. 18 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 18 poz. 50 ze zm./, powoływanej dalej jako ustawa o VAT, poprzez zaniżenie wartość podatku należnego od sprzedaży separatorów polegające na stosowaniu w sposób nieprawidłowy zaniżonej stawki /7 procent zamiast 22 procent/ ze względu na nadanie niewłaściwego symbolu SWW. Spółka kupowała poszczególne elementy separatorów urządzeń: zbiorniki betonowe, separatory i ich części, pompy do tych urządzeń od różnych przedsiębiorców, lecz wyłącznie na zbiorniki betonowe uzyskiwała faktury ze stawką 7 procent, reszta natomiast była opodatkowana stawką 22 procent. Z informacji uzyskanej z Głównego Urzędu Statystycznego wynikało, że separatory ropopochodne /lametowe Ekopur i koalescencyjne/ powinny być zaklasyfikowane zgodnie z PKWiU do "Urządzeń i aparatury do filtrowania i oczyszczania cieczy dla pozostałych zastosowań" - 29.24.12-70.39, a według SWW jako "Urządzenia mechanicznego oczyszczania ścieków" - 0842-21. Zbiorniki i osadnik wykonane z betonu winny być zaklasyfikowane według PKWiU jako "Elementy oczyszczalni ścieków i zbiorników przemysłowych z betonu pozostałe". Pozostałe elementy betonowe o pomocniczym charakterze Główny Urząd Statystyczny zaklasyfikował natomiast według PKWiU do "Elementów obiektów górniczych hydrotechnicznych, rolniczych i przemysłowych z betonu, pozostałe" - 26.61.12-60.90, a według SWW do "Elementów obiektów górniczych, hydrotechnicznych, rolniczych i przemysłowych z betonu, pozostałe" - 1457-9. Od powyższej decyzji spółka nie składała odwołania.
Wnioskiem z dnia 28 listopada 2001 r. spółka wystąpiła do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej o stwierdzenie nieważności decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej, jako podstawę wskazując art. 247 par. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w związku z rażącym naruszeniem: art. 20 ust. 2, art. 25 ust. 1 pkt 3, art. 27 ust. 4-6 i ust. 8, art. 51 ust. 1 pkt 2 lit. "a" ustawy o VAT oraz art. 120, art. 121, art. 122, art. 180, art. 187 par. 1, art. 191, art. 210 par. 1 pkt 6 i par. 4 Ordynacji podatkowej w związku z art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991r. o kontroli skarbowej /Dz.U. nr 54 poz. 572 ze zm./.
Decyzją z dnia 31 października 2002 r., (...), Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej odmówił stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji z dnia 18 lipca 2001 r. uznając, iż zarzuty strony oparte na odmiennej ocenie stanu faktycznego sprawy nie wyczerpują dyspozycji art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. W uzasadnieniu wyjaśniono ponadto, że w postępowaniu prowadzonym w tym trybie, organ nie może rozpatrywać sprawy, co do jej istoty, jak również oceniać postępowania dowodowego przeprowadzonego przez Inspektora Kontroli Skarbowej. Przemawia za tym zasada trwałości decyzji ostatecznej, wyrażona w art. 128 Ordynacji podatkowej. Odmienna ocena prawna mogłaby nastąpić przy jednoznacznym stwierdzeniu, że do ustalonego stanu faktycznego zastosowano niewłaściwe przepisy prawa, bądź w przypadku dowodów wskazujących, że stan faktyczny był inny od ustalonego przez organ. Jednakże w ocenie Głównego Inspektora Kontroli Skarbowej, nie można stwierdzić, iż zakwestionowane rozstrzygnięcie pozostaje w oczywistej sprzeczności z treścią przepisu, gdyż zachodzi jedynie odmienna ocena stanu faktycznego sprawy oraz interpretacja przepisów, co mogło być przedmiotem rozpatrywania w postępowaniu odwoławczym.