1. Użyty w treści art. 254 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) termin "decyzja ostateczna" należy rozumieć zgodnie z art. 128 Ordynacji podatkowej. Z brzmienia tego przepisu wynika zaś, że chodzi o decyzję, od której nie przysługuje odwołanie. Taką decyzją nie może być natomiast decyzja organu pierwszej instancji, od której wniesiono odwołanie. Skoro bowiem w wyniku wniesionego odwołania organ drugiej instancji ponownie rozpatrzy merytorycznie sprawę rozstrzygniętą decyzją wydaną przez organ pierwszej instancji, to wówczas decyzją ostateczną rozstrzygającą sprawę podatkową będzie decyzja organu odwoławczego.
2. Art. 254 § 1 Ordynacji podatkowej przyjmuje, że organem właściwym do zmiany ostatecznej decyzji określającej lub ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego jest organ, który ją wydał. Z brzmienia tego przepisu wynika, że przyjęto w nim zasadę odwołalności własnej decyzji i wykluczone jest wkroczenie w sprawę w trybie nadzoru przez organ wyższego stopnia. Jeżeli zatem w sprawie zapadła ostateczna decyzja podatkowa w drugiej instancji, to kompetentnym do jej zmiany jest organ odwoławczy.
3. Art. 26 ust. 3 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004 r. Nr 8, poz. 65 ze zm.) jest przepisem szczególnym w stosunku do art. 254 § 1 Ordynacji podatkowej tylko wówczas, gdy wniosek dotyczy decyzji ostatecznej dyrektora urzędu kontroli skarbowej, a więc decyzji, od której nie służy odwołanie do właściwej izby skarbowej (obecnie Dyrektora Izby Skarbowej).
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: Sędzia NSA Sylwester Marciniak (spr.) Sędziowie Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz Sędzia NSA Ryszard Pęk Protokolant Karolina Szulc po rozpoznaniu w dniu 4 marca 2008 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Spółki Jawnej I. - E. R. P., J. M. z/s we W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 28 września 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 793/06 w sprawie ze skargi Spółki Jawnej I. - E. R. P., J. M. z/s we W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 7 grudnia 2005 r., nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie zmiany decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług 1. uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie do ponownego rozpoznania, 2. zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz Spółki Jawnej I. - E. R. P., J. M. z/s we W. kwotę 330 (trzysta trzydzieści) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Spółki Jawnej I. R. P., J. M. z/s we W. (dalej: skarżąca spółka) na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z 7 grudnia 2005r. w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie zmiany decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług.
2. W uzasadnieniu wyroku Sąd przedstawił następujące okoliczności faktyczne i prawne sprawy.
Decyzją z dnia 30 czerwca 2000 r. Inspektor Kontroli Skarbowej we W. określił skarżącej spółce zobowiązanie w podatku od towarów i usług za marzec 1998 r. oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Na skutek wniesionego odwołania Izba Skarbowa w W., decyzją z dnia 5 lutego 2001 r., utrzymała w mocy powyższą decyzję.
W dniu 13 kwietnia 2005 r. pełnomocnik skarżącej spółki wystąpił do Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. o "wszczęcie nadzwyczajnego trybu weryfikacji rozstrzygnięć określonego w art. 254 Ordynacji podatkowej i zmianę ostatecznej decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej we W. z dnia 30 czerwca 2000 r.". Jako podstawę wniosku powołał ujawnienie nowych okoliczności faktycznych mających wpływ na określenie zobowiązania w podatku od towarów i usług, przy czym skutki wystąpienia tych okoliczności zostały uregulowane w przepisach prawa podatkowego obowiązujących w dniu wydania decyzji.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej przekazał wniosek do Dyrektora Izby Skarbowej w W., który następnie zwrócił go do Urzędu Kontroli Skarbowej we W., stwierdzając, że nie jest organem właściwym do rozpatrzenia sprawy z uwagi na to, że wniosek nie dotyczył decyzji ostatecznej wydanej przez Izbę Skarbową w W., lecz decyzji wydanej przez Inspektora Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej we W. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej we W. przekazał wniosek do rozpatrzenia Generalnemu Inspektorowi Kontroli Skarbowej.
Decyzją z dnia 15 września 2005 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, powołując się na przepisy art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 26 ust. 2 i ust. 3 oraz art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2004r., nr 8, poz. 65 ze zm.), dalej: ustawa o kontroli skarbowej, umorzył postępowanie w sprawie. W uzasadnieniu tej decyzji stwierdził, że przewidziany w art. 254 Ordynacji podatkowej tryb postępowania dotyczy zmiany decyzji ostatecznej i wobec tego postępowanie wszczęte na skutek wniosku strony było bezprzedmiotowe, gdyż wniosek dotyczył decyzji wydanej przez Inspektora Kontroli Skarbowej, która nie posiadała przymiotu ostateczności. Podkreślił, że za decyzję ostateczną uważa się decyzję, od której nie służy odwołanie, podczas gdy w tej sprawie, od decyzji z dnia 30 czerwca 2000 r. wydanej przez Inspektora Kontroli Skarbowej, skarżąca spółka wniosła odwołanie do Izby Skarbowej w W., która decyzją z dnia 5 lutego 2001 r. utrzymała ją w mocy.