Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Zirk-Sadowski, Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Sędzia NSA Sylwester Marciniak (sprawozdawca), Protokolant Marta Sokołowska-Juras, po rozpoznaniu w dniu 27 maja 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z dnia 13 grudnia 2013 r. sygn. akt I SA/Bk 539/13 w sprawie ze skargi R. W. R. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B. z dnia 22 marca 2012 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiąc czerwiec 2010 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) oddala skargę, 3) zasądza od R. W. R. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w B. kwotę 4600 (słownie: cztery tysiące sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok sądu pierwszej instancji (k. 76 i 78-81 akt)
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 13 grudnia 2013 r., sygn. akt I SA/Bk 539/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku (dalej: sąd pierwszej instancji) po rozpoznaniu sprawy ze skargi R. R. (dalej: skarżący) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w B. (dalej: organ odwoławczy) z dnia 22 marca 2012 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za czerwiec 2010 r., uchylił decyzje organów obu instancji, stwierdził, że nie mogą być one wykonane w całości do czasu uprawomocnienia się wyroku oraz zasądził zwrot kosztów postępowania sądowego.
1.2. W uzasadnieniu powyższego wyroku sąd pierwszej instancji wskazał, że w toku przeprowadzonej u skarżącego kontroli ujawniono, iż rozliczył on w ewidencji sprzedaży za czerwiec 2010 r. dwie faktury VAT, wystawione na rzecz firmy T. M. L., które nie dokumentowały faktycznych zdarzeń gospodarczych. Ustalenia te zostały zawarte w protokole kontroli podatkowej, sporządzonym w dniu 25 listopada 2011 r. W dniu 16 grudnia 2011 r. skarżący w związku z ujawnionymi nieprawidłowościami złożył korektę deklaracji VAT-7 za czerwiec 2010 r., w której zmniejszył obrót i podatek należny o wartości wynikające z zakwestionowanych faktur. W piśmie z dnia 20 grudnia 2011 skarżący poinformował z kolei, że zostały wystawione faktury korygujące wycofujące z obrotu te faktury. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w B. (dalej: organ pierwszej instancji) uwzględnił przedmiotową korektę i wydał w tym zakresie w dniu 9 stycznia 2012 r. wynik kontroli. Niezależnie od tego, decyzją z dnia 9 stycznia 2012 r., organ ten określił skarżącemu podatek do zapłaty wynikający ze wskazanych faktur VAT, uznając, że podatek wykazany na fakturze, o której mowa w art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 ze zm., dalej: u.p.t.u.), nie może być częścią rozliczenia podatku w trybie art. 99 tej ustawy i podlega odrębnej wpłacie do urzędu. Decyzja organu pierwszej instancji została utrzymana w mocy przez organ odwoławczy, który w zaskarżonej decyzji podkreślił m.in., że każdy wystawca tzw. "pustej faktury" winien się liczyć z koniecznością zapłaty wykazanego w niej podatku.
1.3. W skardze do sądu pierwszej instancji skarżący wniósł o uchylenie decyzji organów obu instancji wskazując na naruszenie: art. 81 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2005 r., nr 8, poz. 60 ze zm., dalej: o.p.) w związku z art. 14c ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2004 r., nr 8 poz. 65 ze zm., dalej: u.k.s.), polegające na odmowie prawa do korekty deklaracji i automatycznej korekty faktury VAT; art. 121 o.p., polegające m.in. na rozstrzygnięciu na niekorzyść podatnika wątpliwości prawnych i faktycznych oraz zachwianiu zaufania do organów państwa poprzez wymierzenie dodatkowego podatku sankcyjnego, chociaż nie było ku temu powodów; art. 108 u.p.t.u., polegające na naruszeniu zasady neutralności VAT, która sprzeciwia się pozbawieniu podatnika prawa do skorygowania faktury, pomimo pozwolenia na korektę deklaracji w tej części podatku należnego.