Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Roman Wiatrowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Barbara Wasilewska, Sędzia WSA (del.) Bartosz Wojciechowski, Protokolant Izabela Dalkowska, po rozpoznaniu w dniu 5 maja 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej O. sp. z o. o. w L. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 7 listopada 2013 r. sygn. akt I SA/Kr 1003/13 w sprawie ze skarg O. sp. z o. o. w L. na decyzje Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 26 kwietnia 2013 r., nr od [...] do [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące: marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec i sierpień 2004 r. oddala skargę kasacyjną.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z 7 listopada 2013 r., sygn. akt: I SA/Kr 1003/13 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargi "O." Sp. z o.o. w L. (dalej: "spółka", "skarżąca") na decyzje Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K., z dnia 26 kwietnia 2013 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące: od marca do sierpnia 2004 r.,
1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawiając stan faktyczny sprawy podał, że przeprowadzone wobec spółki postępowanie zakończyło się wydanymi przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 25 kwietnia 2006 r. decyzjami określającymi wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiące od marca do sierpnia 2004 r. W dniu 11 października 2011 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wydał postanowienie o wznowieniu zakończonego już postępowania kontrolnego, wskazując jako podstawę prawną art. 240 § 1 pkt 1, art. 241 § 1, art. 243 § 1 i 2 oraz 244 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm. - dalej: "Op.") w zw. z art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz.U. z 2011 r., nr 41, poz. 214 - dalej: "ustawa o kontroli skarbowej"). Postępowanie to zostało zakończone decyzjami Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia 11 grudnia 2012 r. uchylającymi wcześniejsze ostateczne decyzje tego organu z dnia 25 kwietnia 2006 r. oraz określającymi wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za miesiące marzec - sierpień 2004 r.
W uzasadnieniu wyjaśniono, że po wydaniu decyzji z dnia 25 kwietnia 2006 r., od których skarżąca nie złożyła odwołania, w dniu 26 lipca 2011 r. organ podatkowy uzyskał informację o prawomocnym wyroku Sądu Rejonowego w N. II Wydział Karny z dnia 13 maja 2011 r., sygn. akt [...] w sprawie karnej. Z wyroku wynikało, że spółka sprowadzała samochody, a następnie po zaniżeniu ich wartości sprzedawała je za pośrednictwem komisu samochodowego J. D. Mając na względzie powyższe organ uznał, że wyrok ten a także akt oskarżenia z dnia 29 września 2010 r. sygn. akt [...] stanowią nową okoliczność faktyczną, istniejącą w dniu wydania decyzji nieznaną organowi, który ją wydał, będącą przesłanką wznowienia postępowania wymienioną w art. 240 § 1 pkt 5 O.p. Ponadto, ma zasadniczy wpływ na wynik postępowania prowadzonego wobec spółki i na treść wydanej na zakończenie tego postępowania decyzji.
Organ stwierdził także, że przedmiotowe zobowiązania podatkowe nie uległy przedawnieniu, ponieważ w dniu 21 września 2007 r., a zatem przed upływem 5-letniego terminu przedawnienia Prezesowi Zarządu skarżącej spółki przedstawione zostały zarzuty, co spowodowało zawieszenie jego biegu.
Mając na względzie powyższe organ podatkowy stwierdził, że księgi podatkowe spółki, w tym rejestry sprzedaży VAT za badane miesiące nie odzwierciedlały stanu rzeczywistego i zgodnie z art. 193 § 2 O.p. były nierzetelne i nie stanowiły dowodu w prowadzonym postępowaniu (§ 4). Wyjaśnił również, że na podstawie art. 23 § 2 O.p. odstąpił od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, ponieważ dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwoliły na określenie podstawy opodatkowania, czemu dano wyraz z decyzjach wymiarowych (wysokość zobowiązania podatkowego obliczono, przyjmując rzeczywiste wielkości obrotu oraz podatku należnego dotyczące poszczególnych samochodów, z pominięciem danych wynikających z nierzetelnych faktur).