Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Kołaczek (sprawozdawca), Sędzia NSA Krzysztof Stanik, Sędzia NSA Ryszard Mikosz, Protokolant Marta Sokołowska-Juras, po rozpoznaniu w dniu 17 listopada 2011 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 17 sierpnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 431/10 w sprawie ze skargi A. Firma Handlowa T. K. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 22 grudnia 2009 r., nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2003 r. 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. na rzecz A. Firma Handlowa T. K. kwotę 180 (słownie: sto osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji oraz przedstawiony przez ten Sąd przebieg postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z dnia 17 sierpnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 431/10 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił, zaskarżoną przez "A." Firma Handlowa T. K. (dalej również jako: Strona, Podatnik lub Skarżący) decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 22 grudnia 2009 r., oraz poprzedzającą ją decyzję tego organu z dnia 29 września 2009 r., które to rozstrzygnięcia wydane zostały w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2003 r.
1.2. Przedstawiając stan faktyczny Sąd pierwszej instancji podał, że w ostatecznej decyzji z dnia 27 sierpnia 2004 r., Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w P. określił Skarżącemu wysokość zobowiązań w podatku od towarów i usług oraz kwoty nadwyżki podatku naliczonego do przeniesienia na następny miesiąc za okresy od lutego do grudnia 2003 r. W decyzji tej, powołując się na przepisy art. 19 ust. 1, ust. 2, ust. 3 pkt 1 i ust. 3c pkt 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. - o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11, poz. 50 ze zm., dalej również jako ustawa o VAT z 1993 r.) stwierdzono, iż Podatnik nie miał prawa do odliczenia, w deklaracji VAT-7 za grudzień 2003 r., kwoty podatku naliczonego w wysokości 768.293 zł, wykazanej w ewidencji zakupu za listopad, która nie została przez niego odliczona od podatku należnego w deklaracji VAT-7 za listopad 2003 r.
1.3. W wyniku rozpoznania wniosku Skarżącego z dnia 25 czerwca 2009 r. - o stwierdzenie, na podstawie art. 247 § 1 pkt 3 ustawy z dnia z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. Nr 137, poz. 926 ze zm., dalej również jako Ordynacja podatkowa lub O.p.), nieważności powyższego rozstrzygnięcia - Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, decyzją z dnia 29 września 2009 r. odmówił stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia 27 sierpnia 2004 r. W uzasadnieniu wskazując, że w niniejszej sprawie nie doszło do rażącego naruszenia prawa. Zdaniem organu w orzecznictwie sądów administracyjnych brak było jednolitych poglądów w kwestii, czy organy podatkowe oraz ograny kontroli skarbowej mają obowiązek działając niejako "za podatnika" uwzględniać przy wydawaniu decyzji podatek naliczony, który nie został odliczony przez podatnika w deklaracji. W tym kontekście organ przytoczył uzasadnienie wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 17 grudnia 2003 r., sygn. akt III SA 612/02, w którym Sąd uznał, że w przypadku, gdy podatnik nie złożył deklaracji lub nie uwzględnił w deklaracji podatku naliczonego to nie może uczynić za niego tego organ podatkowy. W ocenie Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej brak jednolitego orzecznictwa skutkuje w niniejszej sprawie tym, że nie można było organowi zarzucić wydania decyzji, której dotyczył wniosek o stwierdzenie nieważności, z rażącym naruszeniem art. 19 i art. 10 ust. 1 i 2 ustawy o VAT.