Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia NSA Ryszard Pęk (spr.), Sędzia NSA Izabela Najda - Ossowska, Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 30 sierpnia 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skarg kasacyjnych 1) Dyrektora Izby Skarbowej w W. (obecnie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W.); 2) C. [...] sp. z o. o. w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 10 września 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 415/14 w sprawie ze skargi C. [...] sp. z o. o. w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 9 grudnia 2013 r., nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie o zwrot nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2005 r., 2006 r., 2007 r. 1) oddala skargi kasacyjne, 2) odstępuje od obciążenia stron kosztami postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok sądu I instancji.
1. Zaskarżonym wyrokiem z 10 września 2014 r., sygn. akt: III SA/Wa 415/14 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu sprawy ze skargi C. sp. z o.o. z siedzibą w W. (dalej "skarżąca spółka") uchylił postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie (dalej także "organ II instancji", "organ odwoławczy") z 9 grudnia 2013 r. w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie o zwrot nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2005 r., 2006 r., 2007 r. oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z 11 kwietnia 2013 r. a także zasądził na rzecz skarżącej spółki zwrot kosztów postępowania sądowego.
2. Przedstawiony przez sąd I instancji przebieg postępowania podatkowego.
2.1. Sąd I instancji, przedstawiając przebieg postępowania podatkowego wskazał, że skarżąca spółka złożyła do [...] Urzędu Skarbowego w W. dwa wnioski. Pierwszy wniosek o zwrot nadpłaty w podatku VAT w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie C-224/11 [...] oraz drugi wniosek o zaliczenie powstałej nadpłaty podatku na poczet zaległości w podatku VAT oraz wyjaśnienie do korekt deklaracji VAT za luty, kwiecień, sierpień, grudzień 2007 r. oraz grudzień 2010 r.
W powyższych wnioskach skarżąca spółka wystąpiła m.in. o zwrot nadpłaty za grudzień 2005 r., luty 2006 r., maj 2006 r., czerwiec 2006 r., lipiec 2006 r., sierpień 2006 r., październik 2006 r., grudzień 2006 r., styczeń 2007 r., marzec 2007 r., maj 2007 r., czerwiec 2007 r., lipiec 2007 r., wrzesień 2007 r., październik 2007 r. i listopad 2007r. Wraz z wnioskami skarżąca spółka złożyła korekty deklaracji VAT-7 za powyższe okresy rozliczeniowe.
Jako podstawę prawną złożonych wniosków skarżąca spółka wskazała art. 74 pkt 1, art. 76 § 1, art. 77 § 1 pkt 4 oraz art. 78 § 5 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749 ze zm. - dalej "Ordynacja podatkowa"). Powołała się także na wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE w sprawie C-224/11.
2.2. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej także "organem I instancji") postanowieniem z 11 kwietnia 2013 r. odmówił wszczęcia postępowania w sprawie o zwrot nadpłaty w podatku od towarów i usług za wnioskowane okresy.
W uzasadnieniu postanowienia organ I instancji wyjaśnił, że ze względu na upływ terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych (art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej) za okresy, których dotyczył wniosek wygasło określone w art. 81 § 1 Ordynacji podatkowej prawo do skorygowania deklaracji podatkowych za okresy rozliczeniowe od grudnia 2005 r. do listopada 2007 r. W ocenie organu I instancji powyższa okoliczność stanowiła również przeszkodę do wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług.