Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia NSA Roman Wiatrowski, Sędzia WSA del. Marzena Łozowska (sprawozdawca), Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 12 grudnia 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej V. Sp. z o.o. w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 23 sierpnia 2016 r. sygn. akt III SAB/Gl 6/16 w sprawie ze skargi V. Sp. z o.o. w P. na przewlekłe prowadzenie postępowania przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. (obecnie Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K.) w przedmiocie podatku od towarów i usług 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od V. Sp. z o.o. w P. na rzecz Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. kwotę 180 (słownie: sto osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z 23 sierpnia 2016 r., sygn. akt III SAB/Gl 6/16 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach oddalił skargę V. sp. z o.o. w P. (dalej: spółka, skarżąca) na przewlekłe prowadzenie postępowania kontrolnego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. (dalej: DUKS) w przedmiocie podatku od towarów i usług.
2. Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd pierwszej instancji przypomniał m. in., że pismem z 16 marca 2016 r. skarżąca złożyła na podstawie art. 141 § 1 pkt 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r., poz. 749 ze zm.; dalej: O.p.) ponaglenie do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej (dalej: GIKS) na niezakończenie we właściwym terminie postępowania kontrolnego wszczętego postanowieniem DUKS z 17 grudnia 2014 r.
2.1. Postanowieniem z 15 kwietnia 2016 r. GIKS uznał ponaglenie za nieuzasadnione stwierdzając, że organ kontrolujący prowadzi postępowanie w sposób efektywny, podejmuje nieprzerwanie czynności mające na celu prawidłowe ustalenie stanu faktycznego i wyjaśnienie wszelkich okoliczności.
Organ wyjaśnił, że spółka jest ostatnim podmiotem na terytorium kraju deklarującym wewnątrzwspólnotową dostawę towaru (oleju rzepakowego) i ubiegającym się o zwrot VAT z tytułu jego zakupu. Zakończenie postępowania kontrolnego wszczęto przez DUKS postanowieniem z 17 grudnia 2014 r. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za okres od 1 lipca 2014 r. do 30 listopada 2014 r. na obecnym etapie i przekazanie podatnikowi wstrzymanej kwoty zwrotu może narazić Skarb Państwa na straty.
Zdaniem organu ze względu na skomplikowany charakter zawieranych transakcji krajowych oraz wewnątrzunijnych, w tym transakcji trójstronnych, konieczne jest ich szczegółowe zbadanie. W tym celu wystąpiono do zagranicznych administracji podatkowych celem zbadania transakcji trójstronnych deklarowanych przez kontrahentów kontrolowanej spółki. Zatem w celu rzetelnego wyjaśnienia sprawy niezbędne jest ustalenie całego łańcucha podmiotów dokonujących handlu olejem rzepakowym i ustalenie czy czynności te nie miały charakteru czynności pozornych mających na celu wyłudzenie podatku VAT w ramach tzw. "karuzeli podatkowej". Określenie tych danych nie jest możliwe bez otrzymania kolejnych i pełnych informacji od władz państw UE oraz polskich organów podatkowych.
W ocenie organu należy ustalić rzeczywiste źródło pochodzenia oleju rzepakowego oraz jego ostatecznego odbiorcę, co umożliwi określenie zobowiązania podatkowego, a więc i prawidłowego rozliczenia się podmiotu z budżetem państwa.
W ramach prowadzonego postępowania organ kontrolujący kilkakrotnie wyznaczał nowy termin zakończenia kontroli postanowieniami: z 11 lutego 2015 r., 13 kwietnia 2015 r., 15 czerwca 2015 r., 3 sierpnia 2015 r., 13 października 2015 r., 14 grudnia 2015 r., 29 stycznia 2016 r., 6 kwietnia 2016 r. wskazując na przyczyny powodujące przedłużenie tego postępowania.
3. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach na przewlekłe prowadzenie postępowania kontrolnego skarżąca zarzuciła DUKS naruszenie: art. 125, art. 139 § 1 oraz 140 § 1 i 2 O.p. w zw. z art. 31 ust. 1 i ust. 2 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41, poz. 214, ze zm., dalej: u.k.s.). Zdaniem spółki błędnie ustalono zakres niezbędnych do przeprowadzenia w postępowaniu kontrolnym czynności, czego skutkiem jest podejmowanie czynności irrelewantnych z punktu widzenia przedmiotu postępowania kontrolnego.