Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Hieronim Sęk (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Agnieszka Jakimowicz, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 9 listopada 2018 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej W.G. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 10 sierpnia 2016 r. sygn. akt I SA/Sz 200/16 w sprawie ze skargi W.G. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie z dnia 24 grudnia 2015 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy od marca do maja i od lipca do listopada 2009 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od W.G. na rzecz Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie kwotę 4.050 (słownie: cztery tysiące pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Skarga kasacyjna i odpowiedź na skargę kasacyjną
1.1. W.G. (dalej: Skarżący) wniósł skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 10 sierpnia 2016 r., sygn. akt I SA/Sz 200/16. Wyrokiem tym Sąd oddalił jego skargę na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Szczecinie (dalej: Dyrektor IS) z dnia 24 grudnia 2015 r., którą utrzymano w mocy decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. z dnia 24 kwietnia 2015 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług (dalej: podatek VAT) za poszczególne miesiące od marca do maja i od lipca do listopada 2009 r.
1.2. Powodem wydania tych decyzji było zakwestionowanie Skarżącemu prawa do odliczenia podatku naliczonego z 8 faktur VAT wystawionych przez Z.M. za roboty budowlane. Według organów były to tzw. puste faktury, które nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych.
Sąd pierwszej instancji zaakceptował takie ustalenie i ocenę prawną. Uznał również za prawidłowe określenie podatku VAT w zakresie miesięcy od lipca do października 2009 r., mimo, że wcześniej te okresy rozliczeniowe objęte były kontrolą podatkową przeprowadzoną przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w S., która zakończyła się protokołem kontroli z dnia 12 stycznia 2010 r.
1.3. Skargą kasacyjną Skarżący zaskarżył wyrok Sądu pierwszej instancji w całości, wniósł o jego uchylenie i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania temu Sądowi, a także o zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.
1.4. Sądowi pierwszej instancji zarzucił uchybienie art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2016 r. poz. 1066, z późn. zm.; dalej: P.u.s.a.) przez wadliwe wykonanie funkcji kontrolnej na skutek:
1) naruszenia art. 31 ust. 1 w związku z art. 13 ust. 1a ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2015 r. poz. 553, z późn. zm.; dalej: u.k.s.) w wyniku błędnej wykładni polegającej na przyjęciu, że skoro procedura wszczęcia postępowania kontrolnego została uregulowana w tej ustawie, to - w zakresie dotyczącym miesięcy od lipca do października 2009 r. - nie znajdują już do niej zastosowania przepisy rozdziału 8 "Wszczęcie postępowania" działu IV "Postępowanie podatkowe" ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613, z późn. zm.; dalej O.p.), podczas, gdy prawidłowa wykładnia powinna prowadzić do wniosku, że ratio legis art. 31 ust. 1 u.k.s. nie jest wyłączenie stosowania wszystkich przepisów rozdziału 8 działu IV Ordynacji podatkowej, lecz jedynie tych z nich, których przedmiot normowania został uregulowany w ustawie o kontroli skarbowej;
- co prowadziło Sąd do uznania, że zaskarżona decyzja odpowiada prawu, gdy tymczasem konsekwencją takiego wadliwego zapatrywania było mogące mieć wpływ na wynik sprawy:
2) naruszenie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2016 r. poz. 718; dalej: P.p.s.a.) przez jego niezastosowanie i brak uchylenia zaskarżonej decyzji, mimo że przy jej wydaniu doszło do naruszenia przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a to poprzez brak zastosowania art. 165b § 1 O.p. w sytuacji wszczęcia przez organ "postępowania podatkowego" (przy wskazaniu, że "postępowanie kontrolne" według art. 31 ust. 2 pkt 3 u.k.s. oznacza "postępowanie podatkowe" z działu IV Ordynacji podatkowej) z przekroczeniem podanego w tym przepisie 6 miesięcznego terminu od zakończenia kontroli [podatkowej - przyp. NSA] przeprowadzonej w zakresie przedmiotowo tożsamym, czyli tzw. pustych faktur.