Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz, Sędzia NSA Barbara Wasilewska, Sędzia WSA del. Nina Półtorak (sprawozdawca), Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 18 grudnia 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 28 sierpnia 2014 r. sygn. akt I SAB/Wr 5/14 w sprawie ze skargi K. P. P. spółka z o.o. z siedzibą w L. na bezczynność Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. w przedmiocie postępowania kontrolnego w zakresie zasadności zwrotu podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2013 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w punkcie III i stwierdza, że bezczynność nie miała miejsca z rażącym naruszeniem prawa, 2) w pozostałym zakresie skargę kasacyjną oddala, 3) zasądza od Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej we W. na rzecz K. P. P. spółka z o.o. z siedzibą w L. kwotę 480,33 zł (słownie: czterysta osiemdziesiąt złotych trzydzieści trzy grosze) tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
I. Stan faktyczny i przebieg sprawy:
1. Wyrokiem z dnia 28 sierpnia 2014 r., sygn. akt I SAB/Wr 5/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w postępowaniu ze skargi spółki K. sp. z o.o. z siedzibą w L. (zwanej dalej: "Skarżącą" lub "Spółką") na bezczynność w przedmiocie postępowania kontrolnego w zakresie zasadności zwrotu podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2013 r., stwierdził bezczynność Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. oraz orzekł, że bezczynność miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, zobowiązał Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej do zakończenia postępowania kontrolnego w terminie dwóch miesięcy od dnia zwrotu akt administracyjnych sprawy oraz zasądził na rzecz Skarżącej zwrot kosztów postępowania sądowego.
2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi
2.1. W dniu 2 lutego 2013 r. do Naczelnika Urzędu Skarbowego w L. (zwany dalej: "organem podatkowym") wpłynął wniosek Skarżącej o zwrot na rachunek bankowy w terminie 25 dni kwoty 561.203 zł, kwoty stanowiącej różnicę pomiędzy naliczonym a należnym VAT. Spółka załączyła do wniosku deklarację VAT-7 za styczeń 2013 r., w której wykazała powyższą kwotę zwrotu VAT.
Postanowieniem Nr 02-13-3028 z dnia 25 lutego 2013 r. (doręczonym w dniu 26 lutego 2013 r.) Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. (dalej jako: "organ kontroli skarbowej") - na wniosek organu podatkowego z dnia 14 lutego 2013 r. - wszczął postępowanie kontrolne u Skarżącej w zakresie zasadności zwrotu VAT za styczeń 2013 r. Pismem z dnia 26 lutego 2013 r. organ kontroli skarbowej poinformował organ podatkowy o wszczęciu postępowania kontrolnego w zakresie zasadności zwrotu VAT za styczeń 2013 r. (typ kontroli: "doraźna inna").
Organ kontroli skarbowej pismem z dnia 12 marca 2013 r. wezwał Spółkę do przedłożenia dokumentów. Spółka w wyniku wezwania przedłożyła stosowne dokumenty.
Pismami z dnia 28 marca 2013 r. organ kontroli skarbowej wystąpił do Dyrektorów Urzędu Kontroli Skarbowej w O., W. i B. o przeprowadzenie kontroli u kontrahentów Spółki: H. sp. z o.o., H. sp. z o.o., E. sp. z o.o. za styczeń 2013 r.
Pismem z dnia 4 kwietnia 2013 r. nr [...] organ kontroli skarbowej poinformował Skarżącą, że postępowanie kontrolne zostanie zakończone bez zbędnej zwłoki po otrzymaniu informacji o wynikach prowadzonych postępowań kontrolnych.
Postanowieniem z dnia 14 maja 2013 r. organ kontroli skarbowej włączył do postępowania kontrolnego dokumenty przekazane przez organ podatkowy.
Kolejnymi postanowieniami z dnia: 24 kwietnia 2013 r., z 22 maja 2013 r., z 25 czerwca 2013 r., 23 sierpnia 2013 r., 24 października 2013 r. organ kontroli skarbowej przedłużył termin zakończenia postępowania kontrolnego z uwagi na wystąpienie w dniu 28 marca 2013 r. do Dyrektorów UKS w W., O. i B., co było niezbędne do rzetelnego ustalenia przebiegu transakcji gospodarczych.
2.2. Pismem z dnia 30 października 2013 r. Spółka złożyła ponaglenie na niezałatwienie sprawy - postępowania kontrolnego - we właściwym terminie. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej postanowieniem z dnia 5 grudnia 2013 r. uznał ponaglenie za bezzasadne.