W kontekście analizowanego zarzutu nieuprawnione okazało się również odwołanie skarżącej do wyroku TSUE z dnia 11 kwietnia 2013 r. w sprawie C-138/12, Rusedespred OOD, z którego wywiodła, że zakwestionowanie prawa do odliczenia przez organy odbiorcy faktury jest wystarczającym powodem, by wystawca "pustej faktury" uniknął obowiązku zapłaty podatku na podstawie art. 108 ust. 1 Uptu. Skarżąca wydaje się bowiem nie dostrzegać, że powyższa sprawa dotyczyła wprowadzenia do obrotu wadliwej faktury w efekcie błędu polegającego na opodatkowaniu transakcji zwolnionej. Wystawca faktury nie działał zatem z zamiarem uzyskania niezgodnych z prawem korzyści podatkowych. Również odbiorca faktury, któremu organy zakwestionowały prawo do odliczenia, nie wiedział, że świadczenie wynikające z faktury nie stanowiło czynności podlegającej opodatkowaniu. Tymczasem w sprawie rozpoznawanej skarżąca razem ze spółką I. C. w długim okresie wystawiły sobie nawzajem puste faktury. Był to proceder na znaczną skalę, który prowadził do obniżenia podatku należnego o kwoty podatku wykazanego w pustych fakturach. Obie spółki dokonywały więc w pełni świadomie oszustw podatkowych na znaczne kwoty, powodując istotne uszczuplenia dochodów podatkowych budżetu państwa. Nie może zatem dziwić, że Sąd pierwszej instancji nie dopatrzył się analogii pomiędzy sprawą niniejszą a sprawą C-138/12, uznając podjęte przez organy działania za adekwatne do charakteru i skali dokonanych przez skarżącą nadużyć.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie niniejszym podziela ponadto pogląd wyrażony w orzecznictwie, że podjęcie przez podatnika działań "naprawczych" (złożenie korekt) w chwili, w której już wystawienie przez niego pustych faktur zostało wykryte i udokumentowane przez organ kontroli skarbowej, nie może być uznane za skuteczne uchylenie się od konsekwencji przewidzianych w art. 108 ust. 1 Uptu, nie jest bowiem działaniem podjętym "w odpowiednim czasie" (por. wyrok NSA z dnia 3 czerwca 2015 r., I FSK 315/14, podobnie wyrok NSA z dnia 26 stycznia 2016 r., I FSK 1084/14 www.orzeczenia.nsa.gov.pl). Nie można zatem zgodzić się ze skarżącą, że na ocenę samodzielności (a tym samym skuteczności) korekty "pustych faktur" nie ma wpływu impuls jaki do tego doprowadził - kontrola podatkowa u jej kontrahenta. Idąc bowiem tokiem rozumowania skarżącej, świadome wystawianie "pustych faktur" i czerpanie z tego korzyści, nie rodziłoby dla podatnika żadnych ujemnych konsekwencji, gdyż nawet w razie wykrycia nieprawidłowości w toku kontroli u kontrahenta i zakwestionowania mu prawa do odliczenia, podatnik mógłby skorygować podatek z tych faktur odwołując się do wyeliminowania ryzyka uszczupleń wpływów budżetowych.
Wobec uznania, że w niniejszej sprawie nie doszło do naruszenia art. 108 ust. 1 Uptu, a także § 9, § 16 i § 17 Rozporządzenia i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a Uptu niezasadny okazał się również zarzut naruszenia art. 145 § 1 pkt 1 lit. c, art. 151 i art. 3 § 2 pkt 1 Ppsa.
W tym stanie sprawy Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 184 i art. 204 pkt 1 Ppsa orzekł jak w sentencji.