W uzasadnieniu skargi kasacyjnej pojawił się również zarzut naruszenia art. 108 ust. 1 Uptu w kontekście zastosowania przez organy art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a Uptu. Skarżąca podkreśliła, że w niniejszej sprawie wykorzystano, z naruszeniem zasady proporcjonalności, podwójny mechanizm przeciwdziałania i eliminowania nadużyć podatkowych. W ocenie skarżącej, odebranie prawa do odliczenia odbiorcy faktur, przy jednoczesnym nałożeniu na wystawcę obowiązku zapłaty wykazanego w nich podatku, wykraczało poza działania konieczne dla zapewnienia prawidłowego poboru podatku i uniknięcia oszustw podatkowych. Skoro bowiem uprzednio odliczony podatek został przez nabywcę zwrócony, to korekta faktur przez wystawcę nie rodziła ryzyka utraty wpływów budżetowych.
Wbrew autorowi skargi kasacyjnej należało jednak uznać, że okoliczności wykrycia nieprawidłowości i moment złożenia korekt wykluczały uznanie działań organów jako nieuzasadnionych i niewspółmiernych do rozmiarów nadużyć, których dopuściła się skarżąca wraz ze swoim kontrahentem. Nie może budzić wątpliwości, że stanowiący ograniczenie w prawie do odliczenia art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a Uptu znajdował zastosowanie w sprawie, gdyż faktury nie dokumentowały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, a ich nabywca był tego w pełni świadomy. W kwestii natomiast korekty faktur przez wystawcę nie można zgodzić się z autorem skargi kasacyjnej, że skarżąca podjęła środki adekwatne i skuteczne dla całkowitego wyeliminowania ryzyka utraty wpływów budżetowych. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, korekty faktur nie zostały złożone w odpowiednim czasie, a zatem podjęcia działań zmierzających do wyeliminowania utraty tychże wpływów nie można przypisać ich wystawcy. Wydaje się ponadto oczywistym, że gdyby nie fakt wykrycia nieprawidłowości przez organy, niezgodne z prawem korzyści podatkowe zostałyby przez skarżącą i jej kontrahenta osiągnięte. Nagła potrzeba złożenia korekt pojawiła się bowiem dopiero, gdy organy ustaliły charakter całego procederu. Do tego czasu skarżąca nie była natomiast zainteresowana działaniami zmierzającymi do wyeliminowania ryzyka uszczupleń wpływów budżetowych.
Dodać należy również, że samo złożenie korekt, wbrew temu co twierdzi skarżąca, nie może stanowić o ich bezwzględnej skuteczności. Zwłaszcza w sytuacji, gdy nastąpiło to zaraz po tym, jak u kontrahenta została przeprowadzona kontrola, która ujawniła proceder wzajemnego wystawiania "pustych faktur". Nie można zatem zgodzić się z tezą, że po dokonanych korektach skarżąca i jej kontrahent doprowadzili do usunięcia skutków wprowadzenia do obrotu pustych faktur. Skutki działań skarżącej i jej kontrahenta zostały bowiem wyeliminowane dopiero w następstwie działań organów podatkowych, które to działania doprowadziły do zwrotu nienależnie odliczonego podatku. Uwadze skarżącej uszło ponadto, że owym skutkiem, który wyklucza możliwość dokonania korekty "pustych faktur", nie jest uszczuplenie wpływów budżetowych przez podmiot działający w złej wierze, lecz samo ryzyko powstania takich uszczupleń, któremu wystawca faktur w sposób skuteczny nie przeciwdziałał. Jak słusznie natomiast zauważył Sąd pierwszej instancji, przez długi okres czasu obie spółki dokonywały więc świadomie (w złej wierze) oszustw podatkowych na znaczne kwoty, powodując znaczne uszczuplenia dochodów podatkowych budżetu państwa. Powstało więc nie tylko ryzyko takiego uszczuplenia ale rzeczywiste pomniejszenie tych dochodów, przy czym skarżąca dokonała korekt przedmiotowych faktur (po uprzednim dokonaniu korekt przez spółkę I. C.) dopiero w czerwcu 2013 r., a więc - odpowiednio - po upływie 5 lat albo na kilka miesięcy przed tym okresem, od wystawienia tych faktur. Przez taki okres trwało więc świadome (dla obu spółek) uszczuplenie wpływów podatkowych, przy czym korygowanie pustych faktur było skutkiem ustaleń kontroli podatkowej w spółce I. C.. Dodatkowo należy zauważyć, że z punktu widzenia prawidłowego gospodarowania budżetem państwa znaczenie ma także czas, w jakim występują należne wpływy, czy też dokonywane są wydatki.