Powyższe orzeczenie TSUE wskazuje, że prawo podatnika do korekty uprzednio wystawionej faktury nie ogranicza się do przypadków wskazanych przez krajowego ustawodawcę w przepisach Rozporządzenia (udzielenie rabatów, podwyższenie ceny, stwierdzenie pomyłki w cenie, stawce lub kwocie podatku bądź w jakiejkolwiek innej pozycji faktury - § 16 i § 17 Rozporządzenia). W pewnych sytuacjach możliwe jest bowiem również skorygowanie faktury wystawionej "w złej wierze". Wymaga to jednak aby wystawca wadliwej faktury całkowicie wyeliminował ryzyko strat budżetowych.
Sąd pierwszej instancji odniósł się do powyższych kwestii w sposób analogiczny dostrzegając zarazem, że wyrok w sprawie C-454/98 zapadł w odmiennych stanach faktycznych od ustalonego w sprawie rozpoznawanej. Spółka Schmeink wystawiła bowiem dla nabytej spółki fakturę dotyczącą usług doradczych, których w rzeczywistości nigdy nie wyświadczyła. Nabyta spółka nie odliczyła natomiast wykazanego podatku. Z kolei Manfred Strobel sam ujawnił swoje działania prokuraturze oraz niemieckiemu organowi podatkowemu wskazując puste faktury oraz ich adresatów. Tymczasem w sprawie niniejszej skarżąca razem ze spółką I. C. w długim okresie, tj. od lutego do grudnia 2008 r. wystawiły sobie nawzajem po 68 pustych faktur, w których wykazały znaczne kwoty podatku (skarżąca spółka - 72.659,86 zł, spółka I. C. 233.080,54 zł), a kwoty te stanowiły znaczący odsetek w ogólnych kwotach podatku wykazywanego przez te spółki. Realizację takich nieprawidłowości ułatwiał fakt powiązań personalnych (generalnym dyrektorem/pełnomocnikiem skarżącej spółki i prezesem zarządu spółki I. C. była ta sama osoba) i funkcjonalnych (wspólnie prowadziły budowę, a księgowość obu spółek była prowadzona w jednym miejscu) pomiędzy tymi spółkami. Korekty skarżąca złożyła dopiero po ujawnieniu nieprawidłowości przez organ podatkowy, wskutek kontroli przeprowadzonej w spółce I. C.. W przypadku skarżącej nie mogło być zatem mowy zarówno o przesłankach korekty faktur wskazanych w przepisach Rozporządzenia (np. działanie pod wpływem błędu), jak również o korekcie w następstwie wyeliminowania ryzyka strat budżetowych przez wystawcę działającego w złej wierze. W okolicznościach faktycznych niniejszej sprawy nie zostały więc spełnione warunki skutecznego skorygowania pustych faktur wystawionych przez skarżącą, na co uwagę słusznie zwrócił w zaskarżonym wyroku Sąd pierwszej instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny w pełni podziela powyższe stanowisko. Odwoływanie się do zasady neutralności podatku od wartości dodanej jest bowiem nie do pogodzenia z sytuacją, w której dochodzi do wzajemnego i świadomego wystawiania "pustych faktur" przez obu kontrahentów, a wszelkie nieprawidłowości zostają wyeliminowane dopiero wskutek ich wykrycia przez organy podatkowe. Odmienna wykładnia art. 108 ust.1 Uptu stanowiłaby oczywistą zachętę do nadużyć podatkowych, którym w sposób jednoznaczny i stanowczy sprzeciwia się prawo wspólnotowe (por. wyrok z dnia 29 kwietnia 2004 r. w sprawach C-487/01 i C-7/02 Gemeente Leusden i Holin Groep; wyrok z dnia 21 lutego 2006 r. w sprawie C-255/02 Halifax plc.). Dodać należy również, że zgodnie ze stanowiskiem TSUE wyrażonym w sprawie C-454/98 to działający w złej wierze podatnik, a nie organy, winny przyczynić się do wyeliminowania ryzyka uszczupleń budżetowych, wynikających z wprowadzenia do obrotu wadliwej faktury. O działaniu podatnika na rzecz wyeliminowania takiego ryzyka nie może być natomiast mowy, gdy do czasu wykrycia nieprawidłowości przez organy podatkowe obie strony transakcji świadomie uczestniczą w obrocie "pustymi fakturami" i we wzajemnym porozumieniu generują sobie podatek naliczony do odliczenia. W rozpoznawanej sprawie organy wykazały natomiast, że zarówno wystawca, jak i odbiorca faktury, świadomie uczestniczyli w procederze wystawiania i obrotu "pustymi fakturami", którego celem było uzyskanie niezgodnych z prawem korzyści podatkowych. Zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego, dokonana przez Sąd pierwszej instancji wykładnia art. 108 ust. 1 Uptu w zw. z § 9, § 16 i § 17 Rozporządzenia była prawidłowa. W stanie faktycznym ustalonym w niniejszej sprawie organ miał prawo nałożyć na skarżącą obowiązek zapłaty podatku wykazanego w zakwestionowanych fakturach odmawiając jednocześnie uwzględnienia złożonych korekt.