Wskazując na motywy oddalenia skargi Sąd pierwszej instancji stwierdził, że ustawodawca krajowy nie przewidział prawnych możliwości korekty pustych faktur, w szczególności wystawionych w złej wierze (świadomie a nie w wyniku pomyłki). Sąd zgodził się z organem, że przepisy wykonawcze (§ 9, § 16 i § 17 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 95, poz. 798 ze zm.), zwanego dalej "Rozporządzeniem"), dotyczące korekt faktur, nie pozwalały na "korygowanie nadużycia". Zdaniem Sądu, możliwość korekty konkretnej pozycji faktury dotyczyła skorygowania "pomyłki" w tej pozycji, a nie świadomego, naruszającego prawo, działania. Sąd podniósł, że przepisy Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L.2006.347.1 z dnia 11 grudnia 2006 r.), zwanej dalej "Dyrektywą 112", nie regulują kwestii korekt faktur, w związku z tym w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, zwanego dalej "TSUE", podkreśla się, że to do państw członkowskich należy ustalenie warunków, na jakich nieprawidłowo zafakturowany podatek może być skorygowany. Zdaniem Sądu, krajowy ustawodawca ustalił warunki dokonywania korekt faktur, lecz w przepisach tych nie przewidział możliwości korekty tzw. "pustych faktur".
Sąd nawiązał do orzecznictwa TSUE, które dopuszczało możliwość korygowania pustych faktur, wystawionych w złej wierze, np. z zamiarem dokonania oszustwa podatkowego. Dotyczyło to jednak sytuacji, w których wystawca pustej faktury we właściwym czasie całkowicie wyeliminował ryzyko jakichkolwiek strat we wpływach podatkowych. Zdaniem Sądu następowało to, gdy wystawca faktury w ogóle nie wprowadził jej do obrotu prawnego, wycofał i zniszczył fakturę zanim wykorzystał ją odbiorca, odbiorca odmówił jej przyjęcia bądź nie dokonał odliczenia podatku wykazanego w fakturze, wystawca faktury wpłacił do budżetu należny podatek. Z okoliczności faktycznych rozpoznawanej sprawy wynikało natomiast, że skarżąca razem ze spółką I. C. w długim okresie wystawiły sobie nawzajem puste faktury. Był to proceder na znaczną skalę, który prowadził do obniżenia podatku należnego o kwoty podatku wykazanego w pustych fakturach. Obie spółki dokonywały więc świadomie (w złej wierze) oszustw podatkowych na znaczne kwoty, powodując uszczuplenia dochodów podatkowych budżetu państwa. Powstało więc nie tylko ryzyko takiego uszczuplenia ale rzeczywiste pomniejszenie tych dochodów. Z kolei korygowanie pustych faktur było skutkiem ustaleń kontroli podatkowej w spółce I. C..