Organ odwoławczy podkreślił, że w praktyce prawo do skorygowania faktury przysługiwać powinno wyłącznie podmiotom działającym w dobrej wierze, które błędną fakturę wystawiły nie celowo, lecz omyłkowo. Niedopuszczalne byłoby natomiast "korygowanie nadużycia". Zdaniem organu, okoliczności faktyczne sprawy, w tym w szczególności sporządzenie i wprowadzenie do obrotu prawnego masowej ilości "pustych faktur", nie pozwalały na uznanie, że wystawienie przedmiotowych dokumentów pomiędzy spółkami w okresie od lutego do grudnia 2008 r. nastąpiło w drodze omyłki.
Na powyższe orzeczenie M. B. sp. z o.o. z/s w B. złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie, w której podniosła zarzuty naruszenia:
- art. 108 ust. 1 Uptu, poprzez błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie wyrażające się w pozbawieniu podatnika prawa do wystawienia faktur korygujących, dokumentujących transakcje gospodarcze, które nie odzwierciedlały rzeczywistego przebiegu i uznaniu, że pomimo dokonania skutecznej korekty tych faktur w dalszym ciągu na podatniku spoczywa obowiązek zapłaty podatku należnego zawartego w pierwotnie wystawionych fakturach;
- art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U z 2012 r., poz. 749 ze zm.), zwanej dalej "Op", poprzez przekroczenie zasady swobodnej oceny dowodów i dowolności w ocenie zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego wyrażające się pominięciem faktów, z których wynikało, że skarżąca samowolnie dokonała korekty wcześniej wprowadzonych do obiegu faktur niezwłocznie po powzięciu wiadomości, iż poprzedni zarząd oświadczył przed innym organem kontroli skarbowej jakoby w okresie swojej kadencji wprowadził do obiegu faktury, które nie dokumentowały faktycznie dokonanych operacji gospodarczych;
- art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i art. 210 § 1 Op, przez sprzeczność ustaleń Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S., wyrażające się tym, że w pierwszym postępowaniu kontrolnym wymieniony organ uznał transakcje z I. C. za rzeczywiście zawarte ale w przypadku faktur wystawionych przez skarżącą stwierdził zaniżenie stawki podatkowej (skarżąca dokonała stosownych korekt dostosowując się do ustaleń kontroli), natomiast w drugim postępowaniu kontrolnym, pomimo dokonanej korekty przez samego podatnika, zastosował wobec niego art. 108 ust. 1 Uptu.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w S. nie podzielił zasadności podniesionych w niej zarzutów i wniósł o oddalenie skargi.
W piśmie procesowym złożonym na rozprawie pełnomocnik skarżącej wniósł o uwzględnienie w rozstrzygnięciu sprawy "najnowszego orzecznictwa sądów administracyjnych", w tym wyroku WSA w Krakowie z dnia 15 października 2013 r., sygn. akt I SA/Kr 492/13 oraz wyroku NSA z dnia 10 lipca 2014 r., sygn. akt I FSK 268/14.