Organ odwoławczy podkreślił, że w praktyce prawo do skorygowania faktury przysługiwać powinno wyłącznie podmiotom działającym w dobrej wierze, które błędną fakturę wystawiły nie celowo, lecz omyłkowo. Niedopuszczalne byłoby natomiast "korygowanie nadużycia". Zdaniem organu, okoliczności faktyczne sprawy, w tym w szczególności sporządzenie i wprowadzenie do obrotu prawnego masowej ilości "pustych faktur", nie pozwalały na uznanie, że wystawienie przedmiotowych dokumentów pomiędzy spółkami w okresie od lutego do grudnia 2008 r. nastąpiło w drodze omyłki.
Na powyższe orzeczenie M. B. sp. z o.o. z/s w B. złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie, w której podniosła zarzuty naruszenia:
- art. 108 ust. 1 Uptu, poprzez błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie wyrażające się w pozbawieniu podatnika prawa do wystawienia faktur korygujących, dokumentujących transakcje gospodarcze, które nie odzwierciedlały rzeczywistego przebiegu i uznaniu, że pomimo dokonania skutecznej korekty tych faktur w dalszym ciągu na podatniku spoczywa obowiązek zapłaty podatku należnego zawartego w pierwotnie wystawionych fakturach;
- art. 191 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U z 2012 r., poz. 749 ze zm.), zwanej dalej "Op", poprzez przekroczenie zasady swobodnej oceny dowodów i dowolności w ocenie zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego wyrażające się pominięciem faktów, z których wynikało, że skarżąca samowolnie dokonała korekty wcześniej wprowadzonych do obiegu faktur niezwłocznie po powzięciu wiadomości, iż poprzedni zarząd oświadczył przed innym organem kontroli skarbowej jakoby w okresie swojej kadencji wprowadził do obiegu faktury, które nie dokumentowały faktycznie dokonanych operacji gospodarczych;
- art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 187 § 1 i art. 210 § 1 Op, przez sprzeczność ustaleń Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S., wyrażające się tym, że w pierwszym postępowaniu kontrolnym wymieniony organ uznał transakcje z I. C. za rzeczywiście zawarte ale w przypadku faktur wystawionych przez skarżącą stwierdził zaniżenie stawki podatkowej (skarżąca dokonała stosownych korekt dostosowując się do ustaleń kontroli), natomiast w drugim postępowaniu kontrolnym, pomimo dokonanej korekty przez samego podatnika, zastosował wobec niego art. 108 ust. 1 Uptu.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w S. nie podzielił zasadności podniesionych w niej zarzutów i wniósł o oddalenie skargi.
W piśmie procesowym złożonym na rozprawie pełnomocnik skarżącej wniósł o uwzględnienie w rozstrzygnięciu sprawy "najnowszego orzecznictwa sądów administracyjnych", w tym wyroku WSA w Krakowie z dnia 15 października 2013 r., sygn. akt I SA/Kr 492/13 oraz wyroku NSA z dnia 10 lipca 2014 r., sygn. akt I FSK 268/14.
Wskazując na motywy oddalenia skargi Sąd pierwszej instancji stwierdził, że ustawodawca krajowy nie przewidział prawnych możliwości korekty pustych faktur, w szczególności wystawionych w złej wierze (świadomie a nie w wyniku pomyłki). Sąd zgodził się z organem, że przepisy wykonawcze (§ 9, § 16 i § 17 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 95, poz. 798 ze zm.), zwanego dalej "Rozporządzeniem"), dotyczące korekt faktur, nie pozwalały na "korygowanie nadużycia". Zdaniem Sądu, możliwość korekty konkretnej pozycji faktury dotyczyła skorygowania "pomyłki" w tej pozycji, a nie świadomego, naruszającego prawo, działania. Sąd podniósł, że przepisy Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L.2006.347.1 z dnia 11 grudnia 2006 r.), zwanej dalej "Dyrektywą 112", nie regulują kwestii korekt faktur, w związku z tym w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, zwanego dalej "TSUE", podkreśla się, że to do państw członkowskich należy ustalenie warunków, na jakich nieprawidłowo zafakturowany podatek może być skorygowany. Zdaniem Sądu, krajowy ustawodawca ustalił warunki dokonywania korekt faktur, lecz w przepisach tych nie przewidział możliwości korekty tzw. "pustych faktur".