Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Dożynkiewicz (sprawozdawca), Sędzia NSA Sylwester Marciniak, Sędzia WSA (del.) Małgorzata Fita, Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 16 listopada 2010 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 9 września 2009 r., sygn. akt III SA/Wa 800/09 w sprawie ze skargi P. S. A. z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 16 stycznia 2009 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług oddala skargę kasacyjną.
Zaskarżonym wyrokiem z 9 września 2009 r., sygn. akt II SA/Wa 800/09 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w sprawie ze skargi P. S.A. w W. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z 16 stycznia 2009 r. nr ... w przedmiocie podatku od towarów i usług uchylił zaskarżoną interpretację, stwierdził, że nie może być ona wykonana w całości i zasądził zwrot kosztów postępowania sądowego.
W uzasadnieniu Sąd ten wskazał, że spółka zwróciła się o udzielenie pisemnej interpretacji przepisów w zakresie prawa do odliczenia podatku od towarów i usług naliczonego od zaniechanych inwestycji. Spółka prowadzi działalność gospodarczą polegającą na świadczeniu usług telekomunikacyjnych i m.in. podejmuje decyzje o budowie środków trwałych (stacji bazowych), których budowy następnie zaprzestaje ze względów prawnych (np. nieuzyskanie stosownych zezwoleń), biznesowych czy ekonomicznych. Ponosi więc wydatki, które zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 41 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. t.j. z 2000 r., nr 54, poz. 654 ze zm.; dalej u.p.d.o.p.) stanowią koszty zaniechanych inwestycji, których nie uznaje się za koszty uzyskania przychodów. Strona dokonywała na bieżąco odliczeń podatku naliczonego związanego z budową stacji bazowych. Zakupy miały służyć działalności opodatkowanej. Skarżąca zwróciła się z pytaniem, czy w tym stanie faktycznym od poniesionych wydatków na tzw. zaniechane inwestycje przysługuje jej prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z faktur dokumentujących te wydatki.
Zdaniem skarżącej prawo to jej przysługuje. Mimo iż art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.; dalej u.p.t.u.) wyłącza możliwość odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, to ze względu na brak zgodności przedmiotowego przepisu z prawem wspólnotowym, przepis ten nie może stanowić podstawy prawnej rozstrzygnięć wydawanych przez organy podatkowe. Podobne ograniczenie istniało w polskim prawie przed wejściem do UE (art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.; dalej ustawa o VAT z 1993 r.), a art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy Rady z 17 maja 1977 r. w sprawie harmonizacji przepisów Państw Członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej: ujednolicona podstawa wymiaru podatku (77/388/EWG), podobnie jak obecnie art. 176 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. U. UE L 347.1 i L 384.92) umożliwiał zachowanie przez państwa członkowskie obowiązujących w momencie wejścia w życie VI Dyrektywy wyłączeń prawa do odliczania podatku naliczonego zawartych w prawie krajowym. Jednakże tak szerokie sformułowanie ograniczenia odliczania VAT, jakie zawarto w art. 88 ust. 1 pkt 2 u.p.t.u., prowadzi do naruszenia zasady neutralności tego podatku.