Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Adam Bącal, Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Sędzia WSA del. Maja Chodacka (sprawozdawca), Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 22 września 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. (obecnie Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w S.) od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z dnia 3 sierpnia 2016 r. sygn. akt I SA/Sz 174/16 w sprawie ze skargi H. [...] Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością Sp. k. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. z dnia 9 grudnia 2015 r., nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w sprawie podatku od towarów i usług za okresy od kwietnia do grudnia 2013 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w S. na rzecz H. [...] Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością Sp. k. z siedzibą w W. kwotę 360 (słownie: trzysta sześćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z dnia 3 sierpnia 2016r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie, w sprawie o sygn. akt I SA/Sz 174/16 w sprawie ze skargi H. [...] Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Sp.k. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. z dnia 9 grudnia 2015r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej w sprawie podatku od towarów i usług za okresy od kwietnia do grudnia 2013r., uchylił zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w S. z dnia 20 lipca 2015r., nr [...] oraz orzekł w przedmiocie kosztów postępowania.
1.2. Stan sprawy Sąd pierwszej instancji przedstawił następująco. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w S. decyzją nr [...] z dnia 23 września 2014r. określił spółce H. [...] Sp. z o.o. Sp. k. z siedzibą w W. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za: kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik i grudzień 2013r. oraz określił nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za listopad 2013r. Odwołanie od tej decyzji zostało wniesione przez spółkę z uchybieniem terminu, wobec czego decyzja stała się ostateczna.
1.3. W związku ze złożeniem poprzez stronę wniosku o stwierdzenie nieważności ww. decyzji, po przeprowadzeniu postępowania określonego w art. 248 § 1 Ordynacji podatkowej, Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w S. decyzją z dnia 20 lipca 2015r., nr [...] odmówił stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej z dnia 23 września 2014r.
Uzasadniając swoje stanowisko organ kontroli skarbowej stwierdził, iż w sprawie nie zaistniała żadna z przesłanek wymienionych w art. 247 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012r. poz. 749 ze zm., dalej: "Ordynacja podatkowa"), w tym wyszczególniona w pkt 3 przesłanka dotycząca wydania decyzji ostatecznej z rażącym naruszeniem prawa.
1.4. Decyzją z dnia 9 grudnia 2015r., nr [...], wydaną po ponownym rozpatrzeniu sprawy, Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w S. utrzymał w mocy swoją decyzję z dnia 20 lipca 2015r.
Organ kontroli skarbowej nie stwierdził spełnienia przesłanki "rażącego naruszenia prawa", wymienionej w art. 247§ 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Uznano, że w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego organ w pełni zastosował przepisy prawa materialnego obowiązujące w badanym okresie, tj. art. 86 ust. 10, ust. 11 oraz ust. 13 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (tekst jednolity w dacie powstania obowiązku podatkowego: Dz. U. z 2011r. Nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej: "ustawa o podatku od towarów i usług"), jak i przepis art. 11 ust. 2 ww. ustawy z dnia 7 grudnia 2012 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw - przytoczone w uzasadnieniu decyzji.