Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Marek Zirk-Sadowski, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia NSA Danuta Oleś (sprawozdawca), , Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 17 maja 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "E." sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 23 lipca 2014 r. sygn. akt III SA/Wa 3242/13 w sprawie ze skargi "E." sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia 25 października 2013 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego oraz nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do grudnia 2006 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w punkcie drugim i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz "E." sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 1.950 (jeden tysiąc dziewięćset pięćdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z 23 lipca 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 3242/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną przez E. sp. z o.o. z siedzibą w W. decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z 25 października 2013 r. wydaną w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego oraz nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do grudnia 2006 r. w części dotyczącej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za luty - maj 2006 r. oraz w części dotyczącej zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za czerwiec - listopad 2006 r., a w pozostałej części oddalił skargę.
Z uzasadnienia powyższego wyroku wynika, że Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. 26 maja 2011 r. wszczął postępowanie kontrolne w E. sp. z o.o. (dalej "spółka" lub "skarżąca"), zaś 23 listopada 2011 r. wszczęte zostało wobec skarżącej postępowanie karne skarbowe. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w R. pismem z 7 listopada 2012 r. zawiadomił skarżącą, że z dniem 23 listopada 2011 r. uległ zawieszeniu bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za okres od lutego do sierpnia i od października do grudnia 2006 r.
Decyzją z 21 lutego 2013 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił spółce kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za: luty, marzec, kwiecień, maj 2006 r. oraz kwotę zobowiązania podatkowego za czerwiec, lipiec, sierpień, wrzesień, październik, listopad oraz grudzień 2006 r. Według organu spółka w sposób nieuprawniony dokonała obniżenia podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach VAT wystawionych przez: PHU M.[...] sp. z o.o., J. sp. z o.o., PHU P. sp. z o.o., R. sp. z o.o., S. sp. z o.o. oraz D. sp. z o.o., które stwierdzały czynności niedokonane przez te podmioty. Z zebranego materiału dowodowego wynika, że podmioty te nie zatrudniały pracowników, co wskazuje na fikcyjną ich działalność, gdyż deklarowane przez nie obroty z tytułu sprzedaży wskazywały na duży rozmiar działalności polegającej na sprzedaży odzieży i butów, której nie można prowadzić bez pracowników; podmioty te nie posiadały też zaplecza magazynowego.
Skarżąca złożyła odwołanie od powyższej decyzji, której zarzuciła naruszenie: art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 59 § 1 pkt 9, art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 165b, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, art. 210 § 4 i art. 283 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 749, ze zm., dalej "Ordynacji podatkowej"); art. 79 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (t.j. Dz.U. z 2007 r. nr 155 poz. 1095, ze zm., dalej jako "u.s.d.g.") oraz art. 86 ust. 1, art. 88 ust. 1 pkt 2 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm., dalej "ustawa o VAT").
Dyrektor Izby Skarbowej w W. decyzją z 25 października 2013 r. utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
Organ odwoławczy podkreślił, że skarżącej nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o naliczony z uwagi na fakt, iż nigdy nie dokonała faktycznego zakupu nabycia towarów od swoich kontrahentów. W toku postępowania nie przedstawiła spójnych i jednoznacznych wyjaśnień popartych wiarygodnymi dowodami świadczącymi o tym, iż faktycznie zakupiła i otrzymała towary od tych kontrahentów (podmiotów).