Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Sędzia NSA Krystyna Chustecka, Sędzia WSA (del.) Danuta Oleś, Protokolant Dariusz Rosiak, po rozpoznaniu w dniu 18 października 2012 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w P. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 14 lipca 2011 r. sygn. akt I SA/Po 398/11 w sprawie ze skargi J. F. P. K. spółka z o. o. w J. na decyzje Dyrektora Izby Skarbowej w P. z dnia 17 marca 2011 r. nr [...], [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2009 r. oddala skargę kasacyjną.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z 14 lipca 2011 r., sygn. akt I SA/Po 398/11, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w sprawie ze skargi J. Spółka z o.o. w J. uchylił decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w P. z 17 marca 2011 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2009 r., zasądzając na rzecz spółki koszty postępowania sądowego.
1.2. Przedstawiając stan faktyczny sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że decyzją z 6 marca 2010 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w J. określi spółce wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości innej niż wykazana została przez tę spółkę w deklaracji VAT-7. W ocenie organu w rozliczeniu za grudzień 2009 r. spółka zawyżyła nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym. Z ustaleń kontroli wynikało, że faktura VAT nr ... z 4 grudnia 2009 r. wystawiona przez Urząd Miejski w J. dokumentowała podwyższenie kapitału zakładowego spółki poprzez wniesienie przez udziałowca - Gminę J. - aportu rzeczowego w postaci nieruchomości. Zdaniem kontrolujących rozliczenie przedmiotowej faktury, jako służącej czynnościom wyłącznie opodatkowanym, było nieprawidłowe. Organ uznał, że przedmiotowe podwyższenie kapitału podstawowego spółki ma bezsprzeczny związek z uzyskiwaniem przez nią przychodów z tytułu świadczenia usług poręczeń (zwolnionych z podatku od towarów i usług) i jest ściśle związane z zapewnieniem funkcjonowania jej na rynku. Zatem wniesiony aport w postaci nieruchomości służy zarówno czynnościom opodatkowanym, jak i zwolnionym. W konsekwencji organ przyjął, że podatek naliczony wynikający z faktury należy rozliczyć proporcją, o której mowa w art. 90 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. 54, poz. 535 ze zm., dalej "u.p.t.u.").
Decyzją z 30 czerwca 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w P. uchylił decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę temu organowi do ponownego rozpatrzenia, stwierdzając, że stan faktyczny tej sprawy nie został należycie wyjaśniony.
Decyzją z 29 października 2010 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego w J. określił spółce nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w kwocie i terminie jak w pierwotnej decyzji.
Dyrektor Izby Skarbowej decyzją z 17 marca 2011 r. uchylił w całości ww. decyzję organu pierwszej instancji, wskazując, że przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ ten powinien prawidłowo ustalić stan faktyczny sprawy, w szczególności winien wyjaśnić, które dokumenty, tj. plan miejscowy, decyzja o warunkach zabudowy, czy zapisy w ewidencji gruntów i budynków, określają status gruntów wnoszonych aportem. Organ odwoławczy wyjaśnił, że w zaistniałym stanie faktycznym, w przypadku gdy dla danego terenu nie został uchwalony miejscowy plan zagospodarowania przestrzennego oraz nie została wydana decyzja o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, nie można na podstawie studium zagospodarowania przestrzennego określać, czy teren jest terenem budowlanym lub przeznaczonym pod budowę. Tym samym nie można uznać, że studium stanowi podstawę do ustalenia zakresu zwolnienia z podatku VAT, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 9 u.p.t.u. Ponadto organ zauważył, że w przypadku decyzji określających, w których orzeka się o zwrocie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w innej kwocie niż wynikająca ze złożonej deklaracji, nie ma podstaw prawnych do wskazywania konkretnego terminu zwrotu podatku.