Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Arkadiusz Cudak (sprawozdawca), Sędzia NSA Danuta Oleś, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Protokolant Marta Sokołowska-Juras, po rozpoznaniu w dniu 29 września 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej I. Sp. z o.o. w N. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 31 stycznia 2014 r. sygn. akt I SA/Kr 813/13 w sprawie ze skarg I. Sp. z o.o. w N. na decyzje Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 21 marca 2013 r. nr [...], [...], [...], [...],[...], [...], [...], [...],[...], [...], [...], w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od stycznia do sierpnia oraz październik, listopad i grudzień 2007 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Krakowie, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w K. na rzecz I. Sp. z o.o. w N. kwotę 5666 (słownie: pięć tysięcy sześćset sześćdziesiąt sześć) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 31 stycznia 2014 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w sprawie o sygnaturze akt I SA/Kr 813/13/13, działając na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2016 r., poz. 718), dalej: p.p.s.a., oddalił skargi I. Sp. z o.o. (dalej: spółka lub skarżąca) na decyzje Dyrektora Izby Skarbowej w K. (dalej: Dyrektor Izby Skarbowej lub organ odwoławczy) z dnia 21 marca 2013 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do sierpnia 2007 r. oraz od października do grudnia 2007 r.
1. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi
W dniu 22 grudnia 2011 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. (dalej: Dyrektor UKS lub organ I instancji) wydał jedenaście decyzji, na mocy których dokonał odmiennego niż zadeklarowany przez spółkę sposobu rozliczenia z tytułu podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do sierpnia oraz od października do grudnia 2007 r. W uzasadnieniach tych decyzji wskazano, iż w wyniku przeprowadzenia postępowania kontrolnego za ww. okresy rozliczeniowe stwierdzono nieprawidłowości w rozliczeniu przez spółkę podatku naliczonego do odliczenia za styczeń oraz miesiące od marca do grudnia 2007 r. oraz zawyżenie podatku należnego za luty i kwiecień 2007 r. Przyczyną tych nieprawidłowości było ujęcie w rozliczeniach faktur, które nie dokumentowały rzeczywistych transakcji gospodarczych, wystawionych przez podmiot: U. R.-B. A. H. (dalej: A. H.). Dodatkowo w kwietniu, czerwcu, listopadzie i grudniu 2007 r. zawyżenie podatku naliczonego spowodowane zostało nieprawidłowym określeniem kwot nadwyżki podatku podlegających przeniesieniu na następny okres rozliczeniowy, wykazanych w deklaracjach za marzec, maj, październik i listopad 2007 r. Natomiast zawyżenie podatku należnego związane było z wystawieniem przez Spółkę 3 faktur na rzecz podmiotu S. N. W. Sp. z o.o. (po zmianie nazwy: D. D. M. - W. Sp. z o.o., dalej: S. N.), które nie dokumentowały rzeczywistego wykonania prac budowlanych. Tym samym Dyrektor UKS uznał, że w sprawach dotyczących miesięcy, w których zawyżono podatek naliczony zastosowanie znajdzie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) i b) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.), dalej: ustawa o VAT, a w sprawach dotyczących miesięcy, w których zawyżono podatek należny - art. 29 ust. 1 i art. 108 ust. 1 ustawy o VAT.
Od decyzji tych spółka wniosła odwołania, wskazując w nich na liczne naruszenia szeregu przepisów zarówno postępowania, jak też prawa materialnego. Z uwagi zaś na wszystkie zarzucone uchybienia spółka zażądała uchylenia w całości zaskarżonych decyzji i przekazania spraw do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji.
Po rozpoznaniu odwołań spółki Dyrektor Izby Skarbowej jedenastoma odrębnymi decyzjami z dnia 21 marca 2013 r. utrzymał w mocy zaskarżone decyzje organu I instancji. W uzasadnieniu podjętych rozstrzygnięć organ odwoławczy odniósł się do kwestii ewentualnego przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych tymi decyzjami, wskazując w tym zakresie na fakt wszczęcia postanowieniem z dnia 2 sierpnia 2012 r. śledztwa w sprawie podania nieprawdy w złożonych przez spółkę deklaracjach VAT-7 za okresy miesięczne od stycznia 2007 r. do grudnia 2008 r. Przedmiotowe postępowanie karne skarbowe nie zostało jeszcze prawomocnie zakończone, w związku z czym, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej, bieg terminu przedawnienia jest zawieszony, a sprawa nie uległa przedawnieniu.