Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Sylwester Marciniak (sprawozdawca), Sędzia NSA Barbara Wasilewska, Sędzia NSA Wojciech Stachurski, Protokolant Katarzyna Nowik, po rozpoznaniu w dniu 9 grudnia 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z dnia 2 lipca 2013 r. sygn. akt I SA/Rz 360/13 w sprawie ze skargi Gminy Miasta R. na interpretację indywidualną Ministra Finansów z dnia 28 stycznia 2013 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżony wyrok i sprawę przekazuje Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnego w Rzeszowie do ponownego rozpoznania, 2) zasądza od Gminy Miasta R. na rzecz Ministra Finansów kwotę 280 (dwieście osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego. zgłoszono zdanie odrębne
1.1. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 2 lipca 2013 r., sygn. akt I SA/Rz 360/13 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie (dalej: sąd pierwszej instancji) po rozpoznaniu sprawy ze skargi Gminy Miasto R. (dalej: Gmina lub wnioskodawca) na interpretację indywidualną Ministra Finansów (dalej: organ podatkowy) z dnia 28 stycznia 2013 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług, uchylił zaskarżoną interpretację, stwierdził, że nie może być ona wykonana w całości do czasu uprawomocnienia się wyroku oraz zasądził na rzecz strony zwrot kosztów postępowania sądowego.
2.1. W uzasadnieniu powyższego wyroku wskazano, że wnioskodawca w złożonym wniosku o wydanie interpretacji w zakresie podatku od towarów i usług przedstawił następujący stan faktyczny.
Gminie przysługiwało prawo własności nieruchomości nabytej przez Gminę od osób fizycznych w drodze umowy kupna sprzedaży w związku z planowaną realizacją celu publicznego, tj. drogi publicznej. Przedmiotowa nieruchomość w wyniku wniosku złożonego przez Miejski Zarząd Dróg w R. została objęta decyzją Wojewody P. z dnia 9 października 2009 r., o zezwoleniu na realizację inwestycji drogowej. Wobec powyższego, na mocy art. 12 ust. 4 ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych (Dz. U. z 2008 r. Nr 193, poz. 1194 ze zm.; dalej: specustawa), przedmiotowa nieruchomość z mocy prawa stała się własnością Skarbu Państwa.
Działając na podstawie art. 12 ust. 4a specustawy Wojewoda P. decyzją z dnia 5 lipca 2012 r., ustalił dla wnioskodawcy odszkodowanie z tytułu przejścia z mocy prawa na rzecz Skarbu Państwa prawa własności wskazanej nieruchomości w wysokości 236.896 zł. Jak wynika z uzasadnienia tej decyzji, organ ustalający odszkodowanie, powołując się na treść art. 3 ust. 3 ustawy z dnia 16 grudnia 2005 r. o finansowaniu infrastruktury transportu lądowego (Dz. U. Nr 267, poz. 2251 ze zm.; dalej: u.f.i.t.l.) w związku z art. 22 ust. 1 specustawy uznał, iż wypłata ustalonego dla Gminy odszkodowania, ma nastąpić ze środków budżetowych Gminy Miasto R., które jest miastem na prawach powiatu, do czego zobowiązany został jej ustawowy organ wykonawczy, tj. Prezydent Miasta R.. Stanowisko to organ oparł o treść powołanego wyżej art. 3 ust. 3, zgodnie z którym "W granicach miast na prawach powiatu zadania w zakresie finansowania, budowy, przebudowy, remontu, utrzymania, ochrony i zarządzania drogami publicznymi, z wyjątkiem autostrad i dróg ekspresowych, finansowane są z budżetów tych miast."
Pomimo tego, że w wyniku objęcia przedmiotowej nieruchomości decyzją o zezwoleniu na realizację inwestycji drogowej prawo jej własności przeszło z mocy prawa na Skarb Państwa, to podmiot ten (Skarb Państwa) nie uzyskał w wyniku tego przejścia prawa władania rzeczą jak właściciel (nie uzyskał władztwa ekonomicznego) bowiem z mocy art. 20 specustawy prawo trwałego zarządu otrzymuje samorządowa jednostka organizacyjna (nieposiadająca osobowości prawnej jednostka organizacyjna Gminy), będąca zarządcą drogi, którym w przedmiotowym przypadku jest Miejski Zarząd Dróg. Z punktu widzenia obowiązujących przepisów regulujących podmiotowość prawną osób prawnych, wszelkie czynności Miejskiego Zarządu Dróg w zakresie finansowania, budowy, przebudowy, remontu, utrzymania, ochrony i zarządzania przedmiotową drogą będą przez wskazaną jednostkę realizowane w ramach osobowości prawnej Gminy Miasto R. Wynika to z treści art. 19 ust. 5 ustawy z dnia 21 marca 1985 r. o drogach publicznych (Dz. U. z 2013 r. poz. 260; dalej: u.d.p.) który stanowi, że w granicach miast na prawach powiatu zarządcą wszystkich dróg publicznych, z wyjątkiem autostrad i dróg ekspresowych, jest prezydent miasta, a zgodnie z art. 21 ust. 1 powołanej ustawy zarządca drogi, o którym mowa m.in. w art. 19 ust. 5, może wykonywać swoje obowiązki przy pomocy jednostki organizacyjnej będącej zarządem drogi, utworzonej odpowiednio przez radę gminy.