Szef Krajowej Administracji Skarbowej zaskarżył powyższy wyrok w całości, zarzucając mu na podstawie art. 174 pkt 1 i 2 p.p.s.a.:
1) naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
art. 146 § 1, art. 135, art. 141 § 4 i art. 151 p.p.s.a. poprzez dokonanie przez Sąd nieprawidłowej oceny prawnej stanowiska organu wyrażonego w interpretacji i przyjęciu, że organ dopuścił się błędnej wykładni i niewłaściwej oceny co do zastosowania w sprawie art. 103 ust. 5a u.p.t.u. i w związku z art. 86 ust. 2 u.p.a. oraz załącznikiem nr 2 do tej ustawy i w konsekwencji zaskarżoną przez wnioskodawcę interpretację uchylił, podczas gdyż organ w ww. interpretacji dokonał prawidłowej wykładni ww. przepisów prawa materialnego (nie naruszył ich) w związku z czym skarga wnioskodawcy była nieuzasadniona i winna być oddalona;
2) naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.: art. 103 ust. 5a u.p.t.u. w związku z art. 86 ust. 2 u.p.a. i załącznikiem nr 2 do tej ustawy, poprzez błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, polegające na uznaniu, że nabywany przez wnioskodawcę olej napędowy, który następnie jest wykorzystany do przerobu na olej smarowy, nie jest paliwem silnikowym, w rozumieniu art. 86 ust. 2 i w konsekwencji na wnioskodawcy nie będzie ciążył obowiązek zapłaty podatku z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia olej napędowego, w terminach przewidzianych w art. 103 ust. 5 u.p.t.u.
Wskazując na powyższe organ wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku i rozpoznanie skargi oraz o jej oddalenie, a także o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę kasacyjną spółka wniosła o jej oddalenie oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Postanowieniem z dnia 17 października 2019 r. Naczelny Sąd Administracyjny zawiesił postępowanie z uwagi na to, że Sąd ten w sprawie o sygn. akt I FSK 2248/18 skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: TSUE) następujące pytania prejudycjalne:
I. Czy artykuł 110 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej - wersja skonsolidowana 2012 r. (Dz. Urz. U.E. z dnia 26 października 2012 r. Nr C 326 s. 1 i nast.) oraz art. 273 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz. UE seria L z 2006 r. Nr 347/1, ze zm.; dalej: "dyrektywa 2006/112/WE") nie sprzeciwiają się przepisowi takiemu jak art. 103 ust. 5a u.p.t.u. stanowiącemu, że w przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia paliw silnikowych podatnik jest obowiązany, bez wezwania naczelnika urzędu celnego, do obliczania i wpłacania kwot podatku na rachunek izby celnej właściwej w zakresie wpłat podatku akcyzowego: 1) w terminie 5 dni od dnia, w którym towary te zostały wprowadzone do określonego we właściwym zezwoleniu miejsca odbioru wyrobów akcyzowych - jeżeli towary są nabywane wewnątrzwspólnotowo w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym przez zarejestrowanego odbiorcę z zastosowaniem procedury zawieszenia poboru akcyzy zgodnie z przepisami o podatku akcyzowym; 2) w terminie 5 dni od dnia wprowadzenia tych towarów z terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju do składu podatkowego; 3) z chwilą przemieszczenia tych towarów na terytorium kraju - jeżeli towary są przemieszczane poza procedurą zawieszenia poboru akcyzy zgodnie z przepisami o podatku akcyzowym?