Zgodnie z § 6 ust. 1 i 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz.U. Nr 133, poz. 1119), zapewnienie przez podatnika w sposób natychmiastowy, pełny i ciągły drogą elektroniczną - na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami - dostępu organom podatkowym (kontroli skarbowej) do przechowywanych w kraju i na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju e-faktur, może się obywać tylko zgodnie z obowiązującymi unormowaniami Ordynacji podatkowej w zakresie postępowania podatkowego (kontroli podatkowej, czynności sprawdzających), a więc w siedzibie podatnika (miejscu prowadzenia działalności) poprzez udostępnienie np. stanowiska komputerowego z dostępem do tych faktur, za zgodą podatnika w siedzibie organu, za pośrednictwem stosownego systemu teleinformatycznego, takiego jak np. Internet, po sprecyzowaniu zasad takiego dostępu do danych podatnika bez jego obecności lub za pośrednictwem innych przekazanych organowi za jego zgodą nośników elektronicznych z bazą tych faktur, np. DVD, CD lub pamięci USB (tzw. pendrive).
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Sylwester Marciniak, Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Protokolant Krzysztof Zaleski, po rozpoznaniu w dniu 26 lutego 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "I. B. S." Spółki Akcyjnej w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 27 czerwca 2007 r., sygn. akt III SA/Gl 1626/06 w sprawie ze skargi "I. B. S." Spółki Akcyjnej w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 5 października 2006 r., nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług (interpretacja prawa) 1. uchyla zaskarżony wyrok, 2. uchyla decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 5 października 2006 r., nr [...], 3. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w K. na rzecz "I. B. S." Spółki Akcyjnej w K. kwotę 640 zł (słownie: sześćset czterdzieści złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten Sąd tok postępowania przed organami podatkowymi.
1.1. Wyrokiem z dnia 27 czerwca 2007 r., sygn. akt III SA/GL 1626/06 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach oddalił skargę "I." S.A. z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 5 października 2006 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług (interpretacja prawa).
1.2. Sąd pierwszej instancji przedstawił następujący stan faktyczny ustalony przez organy podatkowe w niniejszej sprawie.
Naczelnik Pierwszego Śląskiego Urzędu Skarbowego w S. postanowieniem z dnia 8 czerwca 2006 r. nr [...], działając na podstawie art. 14a § 1 i 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2005r. nr 8, poz. 60 ze zm.), zwanej dalej "O.p.", uznał za nieprawidłowe stanowisko podatnika - I. S.A. z siedzibą w K. - dotyczące interpretacji co do zakresu i sposobu zastosowania prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej zapewnienia organom podatkowym dostępu drogą elektroniczną do faktur wystawianych w formie elektronicznej.
W uzasadnieniu organ wyjaśnił, że we wniosku z dnia 1 marca 2006 r. znak: [...] strona występując o wydanie pisemnej interpretacji podkreśliła, że z treści § 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz.U. Nr 133, poz. 1119), zwanego dalej "rozporządzeniem Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r." wynika, iż faktury elektroniczne przechowuje się w sposób umożliwiający organom podatkowym lub organom kontroli skarbowej, natychmiastowy, pełny i ciągły dostęp drogą elektroniczną do tych faktur. Zatem zdaniem wnioskodawcy prawodawca miał na myśli dostęp on-line do faktur elektronicznych. Jednakże art. 3 Dyrektywy Rady 2001/115/WE z dnia 20 grudnia 2001 r. zmieniającej VI Dyrektywę 77/388/EWG w celu uproszczenia, modernizacji i harmonizacji ustanowionych warunków fakturowania w zakresie podatku od wartości dodanej, uprawnia państwo członkowskie do wprowadzenia obowiązku zapewnienia dostępu do systemu on-line, tylko wówczas gdy faktury przechowywane są w innym państwie członkowskim, niż to w którym podatnik posiada siedzibę. W związku z powyższym zdaniem strony mimo, iż literalne brzmienie polskich przepisów w połączeniu z wykładnią systemową daje wniosek co do konieczności udostępniania organom podatkowym faktur elektronicznych on-line, niemniej jednak w ocenie strony przepis § 6 ww. rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. jest sprzeczny z ww. Dyrektywą. Tym samym daje to - wg wnioskodawcy - podstawę do twierdzenia, iż zapewnienie dostępu organom podatkowym do faktur elektronicznych, przechowywanych w kraju siedziby podatnika następuje w drodze udostępnienia tychże faktur na elektronicznych nośnikach informacji.