Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek (spr.) Sędziowie sędzia NSA Juliusz Antosik sędzia NSA Artur Mudrecki Protokolant Dariusz Rosiak po rozpoznaniu w dniu 24 stycznia 2008 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej T. D. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 listopada 2005 r. sygn. akt III SA/Wa 82/05 w sprawie ze skargi T. D. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 4 listopada 2004 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 1999 r. oddala skargę kasacyjną.
Przedmiotem skargi kasacyjnej T. D. jest wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 listopada 2005 r. sygn. akt III SA/Wa 82/05. Wyrokiem tym Sąd, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "P.p.s.a.", oddalił skargę T. D. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 4 listopada 2004 r. w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 1999 r.
W uzasadnieniu tego wyroku Sąd przedstawił stan sprawy. Podał, że inspektor kontroli skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w O. decyzją z dnia 12 grudnia 2001 r. określił Spółdzielni Mieszkaniowej "S." w O. zobowiązanie w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 1999 r., zaległość podatkową w tym podatku za te same okresy rozliczeniowe, odsetki od tej zaległości oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Decyzja ta stała się ostateczna. Syndyk masy upadłości, któremu doręczono to orzeczenie z dnia 12 grudnia 2001 r., nie wniósł odwołania.
T. D., który w 1999 r. pełnił funkcję Prezesa zarządu Spółdzielni, złożył dnia 18 marca 2004 r. żądanie stwierdzenia nieważności wymienionej wyżej decyzji organu kontroli skarbowej, powołując się na art. 248 § 1 pkt 1 w zw. z art. 247 § 1 pkt 3, 5 i 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926, ze zm.), zwanej dalej w skrócie "Ordynacja podatkowa".
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej decyzją z dnia 14 kwietnia 2004 r., z powołaniem na art. 249 § 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. 24 § 1 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz o zmianie innych ustaw (Dz. U. Nr 169, poz. 1387), odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej. Organ stwierdził bowiem, że żądanie w tej sprawie zostało złożone po upływie roku od dnia doręczenia decyzji inspektora kontroli skarbowej. Decyzja ta została utrzymana w mocy kolejną decyzją tego organu, wydaną po ponownym rozpatrzeniu sprawy dnia 4 listopada 2004 r.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego strona domagała się uchylenia obu wskazanych wyżej decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej. Zarzuciła, że organ niewłaściwie zastosował art. 249 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, naruszył prawo do rzetelnego procesu sądowego, w tym prawo do "bronienia się" (art. 6 ust. 3 pkt c Europejskiej Konwencji o Ochronie Praw Człowieka i Podstawowych Wolności - Dz. U. z 1993 r. Nr 61, poz. 284, ze zm.), uniemożliwił jej skorzystanie w pełni z prawa "do obrony we wszystkich stadiach postępowania" (art. 42 ust. 2 Konstytucji), a także naruszył zasadę zaufania do organów podatkowych przez uchybienie w toku procedury regułom postępowania i zamknięcie jej drogi do realnej możliwości obrony interesów i praw w toczącym się postępowaniu karnym (art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej).