Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący: sędzia NSA Małgorzata Niezgódka-Medek (spr.) Sędziowie sędzia NSA Juliusz Antosik sędzia NSA Artur Mudrecki Protokolant Dariusz Rosiak po rozpoznaniu w dniu 24 stycznia 2008 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej D. K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 października 2006 r. sygn. akt III SA/Wa 2623/06 w sprawie ze skargi D. K. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 19 czerwca 2006 r. nr [...] w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji stwierdzającej nieważność decyzji w sprawie o podatek od towarów i usług 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od D. K. na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę [...] zł tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Przedmiotem skargi kasacyjnej D. K. jest wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 października 2006 r., sygn. akt III SA/Wa 2623/06, którym Sąd oddalił jej skargę na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 19 czerwca 2006 r., nr [...], w przedmiocie stwierdzenia nieważności decyzji tego organu z dnia 30 listopada 2005 r., stwierdzającej nieważność decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r. w sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług.
W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd przedstawił stan sprawy. Podał, że decyzją z dnia 30 maja 2003 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. określił D. K., prowadzącej działalność gospodarczą pod nazwą E. w W., kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług oraz kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za poszczególne miesiące od lutego do października 2000 r. Decyzja ta, z uwagi na odmowę przywrócenia terminu do złożenia odwołania, stała się ostateczna.
Pismem z dnia 2 lipca 2004 r. strona wystąpiła do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, zwanego dalej w skrócie "GIKS", z wnioskiem o stwierdzenie nieważności wymienionej wyżej decyzji z dnia 30 maja 2003 r., powołując jako podstawę art. 247 § 1 pkt 2 i 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.), zwanej dalej w skrócie "Ordynacja podatkowa".
Decyzją z dnia 24 września 2004 r. GIKS odmówił stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r. wobec niestwierdzenia wskazanych przesłanek nieważności. Na skutek złożonego od tej decyzji wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy GIKS decyzją z dnia 31 stycznia 2005 r. utrzymał ją w mocy, podzielając pogląd o braku podstaw do stwierdzenia nieważności.
Decyzja GIKS z dnia 31 stycznia 2005 r. została zaskarżona przez stronę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który wyrokiem z dnia 28 września 2005 r., sygn. akt III SA/Wa 1009/05, oddalił skargę.
W czasie, w którym toczyło się postępowanie przed sądem administracyjnym pierwszej instancji strona pismem z dnia 28 czerwca 2005 r. wystąpiła ponownie do GIKS z żądaniem stwierdzenia nieważności decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r., powołując jako przesłankę stwierdzenia nieważności art. 247 § 1 pkt 3 i pkt 6 Ordynacji podatkowej.
Organ nadzorczy, po rozpatrzeniu wniosku strony w części dotyczącej żądania stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej, na podstawie art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej, decyzją z dnia 30 listopada 2005 r. umorzył postępowanie w sprawie jako bezprzedmiotowe. Wskazał bowiem na istnienie w obrocie prawnym decyzji wydanej w oparciu o ten przepis.
Natomiast po rozpoznaniu wniosku strony w części dotyczącej żądania stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej na podstawie art. 247 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej decyzją z dnia 30 listopada 2005 r. GIKS stwierdził nieważność wymienionej wyżej decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 30 maja 2003 r. Organ nadzorczy uznał, że decyzja wydana w postępowaniu zwykłym była obarczona wadą nieważności w postaci jej niewykonalności w dniu wydania, przy czym niewykonalność ta miała charakter trwały.