Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Juliusz Antosik, Sędzia NSA Jan Zając, Sędzia WSA del. Sylwester Golec (sprawozdawca), Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 8 lipca 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w R. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie z dnia 3 czerwca 2008 r. sygn. akt I SA/Rz 236/08 w sprawie ze skarg J. B. na decyzje Dyrektora Izby Skarbowej w R. z dnia 14 grudnia 2007 r. nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2001 r., luty i marzec 2002 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Rzeszowie, 2) zasądza od J.B. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w R. kwotę [...] złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
I. Zaskarżonym wyrokiem z dnia 3 czerwca 2008 r., sygn. akt I SA/Rz 236/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie uchylił wydane w stosunku do J. B. (dalej "Skarżącego") trzy decyzje Dyrektora Izby Skarbowej w R. z dnia 14 grudnia 2007 r. (nr (...), nr (...) i nr (...)) w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 2001 r., luty i marzec 2002 r.
Powyższy wyrok Sąd I instancji wydał na podstawie następującego stanu faktycznego.
Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w R. po przeprowadzeniu kontroli podatkowej i wszczęciu z urzędu postępowania podatkowego w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za grudzień 2001 r., luty 2002 r. i marzec 2002 r., decyzjami z 16 grudnia 2003 r. (nr: (...), (...), oraz (...)) określił Skarżącemu w kwotę różnicy podatku naliczonego podatku od towarów i usług nad podatkiem należnym za grudzień 2001 r. w wysokości 614.719 zł oraz kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za luty i marzec 2002 r. w wysokości odpowiednio 257.524 zł i105.832 zł.
W wyniku rozpatrzenia odwołania od powyższych decyzji organ odwoławczy, decyzjami z dnia 20 grudnia 2005 r., uchylił zaskarżone rozstrzygnięcia i przekazał sprawy do ponownego rozpatrzenia, z uwagi na niezachowanie wymaganego przepisami prawa podatkowego trybu postępowania dowodowego, wynikającego z art. 193 § 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t. jedn. Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz.60 ze zm.).
Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w R. w dniu 9 stycznia 2007 r. wydał ponownie decyzje w przedmiotowych sprawach określając w podatku od towarów i usług kwotę różnicy podatku naliczonego nad należnym za grudzień 2001 r. oraz kwotę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc za luty i marzec 2002 r.
Dyrektor Izby Skarbowej w R. w wyniku rozpatrzenia odwołań skarżącego, decyzjami z 6 kwietnia 2007 r. uchylił zaskarżone decyzje z dnia 9 stycznia 2007 r. i przekazał sprawy do ponownego rozpatrzenia, ze względu na konieczność dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego.
Na trzy decyzje kasacyjne organu II instancji z dnia 6 kwietnia 2007 r. Skarżący wniósł skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie oraz złożył wniosek o zawieszenie postępowań podatkowych do czasu rozstrzygnięcia przez Sąd zagadnień wstępnych w postaci skarg na w/w decyzje kasacyjne organu odwoławczego.
W wyniku przeprowadzonego postępowania Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w R. decyzjami z 30 października 2007 r. (nr (...), (...) oraz (...)) określił Skarżącemu w podatku od towarów i usług kwotę zwrotu różnicy podatku za grudzień 2001 r. oraz kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc, za luty 2002 r. i marzec 2002 r.
W uzasadnieniu powyższych decyzji organ stwierdził, iż Skarżący obniżając wysokość podatku należnego o podatek naliczony uwzględnił faktury wystawione przez podmiot nieistniejący, pozorujący jedynie swe istnienie w obrocie prawnym oraz dokumentujące czynności, które w rzeczywistości nie miały miejsca. Organ I instancji zgodnie z art. 10 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) w dalszej części powoływanej jako u.p.t.u. z 1993 r. oraz § 50 ust. 4 pkt 1 lit. a oraz pkt 5 lit. a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 109, poz. 1245 ze zm.) określił Skarżącemu za w/w okresy kwoty nadwyżki podatku naliczonego do zwrotu bezpośredniego oraz do przeniesienia na następne okresy rozliczeniowe.