Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki (spr.), Sędzia WSA del. Maja Chodacka, Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 23 lutego 2022 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej [...] sp. z o.o. z siedzibą w [...] od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 kwietnia 2020 r. sygn. akt III SAB/Wa 80/19 w sprawie ze skargi [...] sp. z o.o. z siedzibą w [..] na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w przedmiocie zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za styczeń 2015 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) stwierdza bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w zakresie dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za styczeń 2015 r., 3) stwierdza, że bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, 4) oddala skargę w pozostałej części, 5) zasądza od Naczelnika Urzędu Skarbowego W. na rzecz [...] sp. z o.o. z siedzibą w [...] kwotę 1.037 (słownie: jeden tysiąc trzydzieści siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Wyrokiem z 30 kwietnia 2020 r. w sprawie III SAB/Wa 80/19 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę [...] sp. z o.o. z siedzibą w [..] na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (dalej: NUS) w przedmiocie zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za styczeń 2015 r.
1.2. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wyroku podał, że w rozpoznawanej sprawie termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. upływał pierwotnie 1 marca 2015 r. Na podstawie upoważnienia z 18 lutego 2015 r. NUS wszczął kontrolę podatkową w zakresie podatku od towarów i usług za październik i listopad 2014 r. oraz styczeń 2015 r., w trakcie której postanowieniem z 27 lutego 2015 r. organ przedłużył termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. do czasu zakończenia weryfikacji ww. rozliczenia dokonywanego w ramach kontroli podatkowej. Postanowieniem z 26 czerwca 2017 r. organ odwoławczy uchylił ww. postanowienie w części dotyczącej terminu przedłużenia zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazanej w deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. i przedłużył termin zwrotu tej kwoty do 14 lipca 2017 r. Wyrokiem z 24 sierpnia 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 2896/17 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie (dalej: DIAS) oraz poprzedzające je postanowienie NUS. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 2 lipca 2019 r., sygn. akt I FSK 908/19, oddalił skargę kasacyjną DIAS od powyższego wyroku z 24 sierpnia 2018 r., III SA/Wa 2896/17. W związku z prowadzoną kontrolą podatkową NUS wydał kolejne postanowienia dotyczące przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. I tak: postanowieniem z 7 lipca 2017 r. NUS przedłużył termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. do 29 września 2017 r.; postanowieniem z 15 września 2017 r. termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. został przedłużony do 29 grudnia 2017 r.; postanowieniem z 19 grudnia 2017 r. NUS przedłużył termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. do 13 kwietnia 2018 r.; postanowieniem z 26 marca 2018 r. termin zwrotu za styczeń 2015 r. przedłużono do 28 września 2018 r.
Czynności kontrolne zakończono protokołem kontroli doręczonym spółce 13 kwietnia 2018 r. W toku kontroli podatkowej ustalono m.in., że spółka dokonała odliczenia podatku naliczonego z faktur VAT, na których jako wystawcy widnieją podmioty, które dokumentować miały zakup towarów pochodzących z łańcucha dostaw z udziałem znikających podatników i słupów, a następnie deklarowała sprzedaż nabytych w tym procederze towarów na rzecz kontrahentów z Unii Europejskiej, uczestnicząc w łańcuchach podmiotów i transakcji, których celem było wyłudzenie podatku VAT. Po zakończeniu kontroli podatkowej spółka nie złożyła korekt deklaracji uwzględniających wszystkie stwierdzone nieprawidłowości. W związku z tym, działając na podstawie art. 165b § 1 O.p. NUS 27 sierpnia 2018 r. wydał postanowienie o wszczęciu postępowania podatkowego w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za styczeń 2015 r. Następnie: postanowieniem z 21 września 2018 r. NUS przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. do 28 marca 2019 r.; postanowieniem z 13 marca 2019 r. przedłużono termin tego zwrotu do 30 września 2019 r.; postanowieniem z 11 września 2019 r. (doręczonym 25 września 2019 r.) NUS przedłużył termin zwrotu VAT za styczeń 2015 r. do 30 marca 2020 r.