Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Artur Mudrecki, Sędzia NSA Janusz Zubrzycki, Sędzia WSA del. Maja Chodacka (spr.), Protokolant Marek Kleszczyński, po rozpoznaniu w dniu 23 lutego 2022 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej M. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 kwietnia 2020 r. sygn. akt III SAB/Wa 79/19 w sprawie ze skargi M. sp. z o.o. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w przedmiocie zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) stwierdza bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. w zakresie dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług za grudzień 2014 r., 3) stwierdza, że bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. miała miejsce z rażącym naruszeniem prawa, 4) oddala skargę w pozostałej części, 5) zasądza od Naczelnika Urzędu Skarbowego W. na rzecz M. sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 1.037 (słownie: jeden tysiąc trzydzieści siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji.
1.1. Wyrokiem z 30 kwietnia 2020r. w sprawie III SAB/Wa 79/19 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę M. sp. z o.o. z siedzibą w W. na bezczynność Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (dalej: NUS) w przedmiocie zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług za grudzień 2014r. Wymieniony wyrok oraz pozostałe orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu publikowane są na stronach internetowych Naczelnego Sądu Administracyjnego: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.
1.2. Sąd pierwszej instancji w uzasadnieniu wyroku podał, że w rozpoznanej sprawie termin zwrotu podatku od towarów i usług za grudzień 2014r. upływał pierwotnie w dniu 2 lutego 2015r. Na podstawie upoważnienia z dnia 19 stycznia 2015r. Naczelnik Urzędu Skarbowego W. (dalej: Naczelnik US) wszczął kontrolę podatkową, w trakcie której postanowieniem z 30 stycznia 2015r. przedłużył ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia dokonywanego w ramach kontroli podatkowej. Postanowienie to Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. postanowieniem z 26 czerwca 2017r. uchylił w części dotyczącej terminu przedłużenia zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. i przedłużył termin zwrotu tej kwoty do dnia 14 lipca 2017r. Wyrokiem z dnia 24 sierpnia 2018r., sygn. akt III SA/Wa 2895/17 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika US. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 2 lipca 2019r., sygn. akt I FSK 907/19 oddalił skargę kasacyjną Dyrektora Izby Administracji Skarbowej.
W związku z prowadzoną kontrolą podatkową Naczelnik US wydał kolejne postanowienia dotyczące przedłużenia terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. w wysokości 1.612.015,00 zł.
I tak postanowieniem z 7 lipca 2017r. Naczelnik US przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. do dnia 29 września 2017r.
Postanowieniem z 8 września 2017r. Naczelnik US przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. do dnia 29 grudnia 2017r.
Postanowieniem z 20 grudnia 2017r. Naczelnik US przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. do dnia 13 kwietnia 2018r.
Postanowieniem z 6 kwietnia 2018r. Naczelnik US przedłużył termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za grudzień 2014r. do dnia 12 października 2018r.
Czynności kontrolne zakończono protokołem kontroli doręczonym Spółce w dniu 29 czerwca 2018r. W toku prowadzonej kontroli podatkowej wobec skarżącej ustalono m.in., że Spółka nie dokonywała wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, lecz działała z zamiarem uzyskania korzyści w postaci zwrotu podatku VAT.