Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Bartosz Wojciechowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Arkadiusz Cudak, Sędzia WSA del. Małgorzata Fita, Protokolant Marek Wojtasiewicz, po rozpoznaniu w dniu 2 marca 2017 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Przedsiębiorstwa H. T. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 19 grudnia 2014 r. sygn. akt III SA/Wa 1826/14 w sprawie ze skargi Przedsiębiorstwa H. T. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 31 marca 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Przedsiębiorstwa H. T. sp. z o.o. z siedzibą w W. na rzecz Szefa Krajowej Administracji Skarbowej kwotę 120 (słownie: sto dwadzieścia) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrok sądu pierwszej instancji i przedstawiony przez ten sąd tok postępowania przed organami podatkowymi
1.1. Wyrokiem z 19 grudnia 2014 r., sygn. akt III SA/Wa 1826/14, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Przedsiębiorstwa H. T. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej (dalej: "GIKS") dnia 31 marca 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji.
1.2. Ze stanu faktycznego sprawy wynikało, że postanowieniem z dnia 15 kwietnia 2004 r. GIKS wszczął postępowanie kontrolne w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatków stanowiących dochód budżetu państwa lub dochód gminy, a także innych należności pieniężnych budżetu państwa lub państwowych funduszy celowych za 2002 r., w Przedsiębiorstwie H. T. Sp. z o.o. z siedzibą w B., obecnie w W. (zwanej dalej "Spółką" lub "Stroną").
Postępowanie zostało przeprowadzone przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w B., który w dniu 22 czerwca 2006 r. wydał decyzję określającą Spółce nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc oraz kwotę zwrotu różnicy podatku za miesiące styczeń - czerwiec, sierpień, październik 2002 r., a także określającą zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiące: lipiec, wrzesień, listopad i grudzień 2002 r., a nadto ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług.
Dyrektor Izby Skarbowej w B. decyzją z 29 listopada 2006 r. utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję Dyrektora UKS w B.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku wyrokiem z 7 maja 2007 r., sygn. akt I SA/Bk 105/07, uchylił w całości zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Skarbowej oraz poprzedzającą ją decyzję organu I instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 22 października 2008 r., sygn. akt I FSK 1219/07 oddalił skargę kasacyjną od ww. wyroku.
Rozpoznając sprawę jako właściwy organ GIKS wydał w dniu 6 października 2009 r. decyzję w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2002 r. Następnie decyzją z 12 stycznia 2010 r., po rozpoznaniu wniosku o ponowne rozpoznanie sprawy, utrzymał w mocy decyzję z 6 października 2009 r.
WSA w Warszawie, po rozpatrzeniu sprawy skargi na decyzję z 12 stycznia 2010 r., wyrokiem z 21 października 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 877/10, skargę Strony oddalił.
NSA wyrokiem z 31 stycznia 2012 r., sygn. akt I FSK 575/11, oddalił skargę kasacyjną Spółki od wyroku z 21 października 2010 r.
Wnioskiem z dnia 14 listopada 2012 r. Spółka wystąpiła do GIKS o stwierdzenie nieważności decyzji z dnia 6 października 2009 r. Wskazała, że decyzja ta była nieostateczna, gdyż nie została skutecznie doręczona.
GIKS, po rozpatrzeniu wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji z 6 października 2009 r., decyzją z 21 grudnia 2012 r., odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji z 6 października 2009 r. oraz odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności swojej decyzji z 12 stycznia 2010 r.