Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Janusz Zubrzycki (sprawozdawca), Sędzia NSA Adam Bącal, Sędzia del. WSA Grażyna Nasierowska, Protokolant Iwona Wtulich, po rozpoznaniu w dniu 29 sierpnia 2006 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "R." Spółki z o.o. z siedzibą w S. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego Warszawie z dnia 29 lipca 2005 r. sygn. akt III SA/Wa 1114/05 w sprawie ze skargi "R." Spółki z o.o. z siedzibą w S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 14 marca 2005 r. (...) w przedmiocie odmowy uchylenia, po wznowieniu postępowania, decyzji w sprawie o podatek od towarów i usług za listopad 1999 r. 1. oddala skargę kasacyjną, 2. zasądza od "R." Spółki z o.o. z siedzibą w S. na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę 180 zł /słownie: sto osiemdziesiąt złotych/ tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym wyrokiem Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę "R." Sp. z o.o. z siedzibą w S. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej w przedmiocie odmowy uchylenia, po wznowieniu postępowania, decyzji w sprawie podatku od towarów i usług za listopad 1999 r.
Sąd w uzasadnieniu wyroku na wstępie przybliżył stan faktyczny sprawy.
Stwierdził, że wnioskiem z dnia 3 listopada 2004 r. spółka wystąpiła o wznowienie postępowania w sprawie zakończonej decyzją ostateczną Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w K. Jako przesłankę uzasadniającą wznowienie postępowania wskazano art. 240 par. 1 pkt 8 Ordynacji podatkowej. Na tę okoliczność powołano orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 października 2004 r. uznające za niezgodny z Konstytucją RP przepis art. 19 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, dotyczący zasad odliczania podatku naliczonego od podatku należnego. W związku z powyższym wniesiono o uchylenie w całości powyższej decyzji podatkowej oraz o umorzenie postępowania w sprawie.
Postanowieniem z dnia 23 listopada 2004 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. wznowił na żądanie strony postępowanie wskazując jako przesłankę wznowienia powołany wyrok Trybunału Konstytucyjnego. Następnie decyzją z dnia 7 grudnia 2004 r., organ ten na podstawie art. 245 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej odmówił uchylenia w całości omawianej decyzji ostatecznej. Wyjaśniając istotę i cel wznowienia postępowania, a także odnosząc się do podnoszonej przez stronę przesłanki z art. 240 par. 1 pkt 8 Ordynacji podatkowej Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. stwierdził, iż podstawą prawną zakwestionowania przez Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej w K. prawa podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach VAT otrzymanych w miesiącu późniejszym niż miesiąc obniżenia kwoty podatku należnego, był przepis art. 19 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, nie zaś przepis art. 19 ust. 3b tej ustawy, co do którego wypowiadał się Trybunał Konstytucyjny. W takiej sytuacji, zdaniem organu prowadzącego postępowanie wznowione, nie wystąpiła przesłanka powoływana we wniosku o wznowienie postępowania, co skutkowało odmową uchylenia decyzji ostatecznej.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję. W uzasadnieniu decyzji organ przytoczył okoliczności związane z wydaniem wyroku Trybunału Konstytucyjnego, wskazując, iż konsekwencje tego orzeczenia dotyczą spraw, w których zastosowanie znajdował przepis art. 19 ust. 3b ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym w brzmieniu obowiązującym w okresie od dnia 1 stycznia 2000 r. do dnia 26 marca 2002 r. W zakresie oceny wystąpienia w niniejszej sprawie przesłanki wznowienia postępowania z art. 240 par. 1 pkt 8 Ordynacji podatkowej organ stwierdził, iż fakt wydania decyzji ostatecznej w dacie, kiedy obowiązywał ww. przepis, nie stanowi, że był on jej podstawą prawną. Organ odwoławczy wskazał, że decyzja organu kontroli skarbowej wydana w postępowaniu zwykłym nie powoływała się na przepis art. 19 ust. 3b ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, lecz na inne przepisy tej ustawy. Oceniając natomiast zarzut nie uwzględnienia przesłanki wznowienia postępowania zawartej w art. 240 par. 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, rzekomo od samego początku zgłaszanego przez Spółkę, organ odwoławczy uznał go za chybiony wyjaśniając, że decyzja ostateczna inspektora kontroli skarbowej nie została wydana na podstawie innej decyzji lub orzeczenia sądu, które zostały uchylone lub zmienione w sposób mogący mieć wpływ na treść decyzji ostatecznej.