W przypadku decyzji, które stały się ostateczne przed dniem 1 stycznia 2003 r., objętych następnie postępowaniem w przedmiocie wznowienia postępowania, postępowanie odwoławcze po 1 stycznia 2003 r. toczyć się powinno na podstawie przepisów art. 220 do art. 239 rozdziału 15, działu IV ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ "Odwołania" obowiązujących do dnia 31 grudnia 2002 r. /art. 23 ustawy z dnia 12 września 2002 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw - Dz.U. nr 169 poz. 1387/, z jednoczesnym zastosowaniem trybu, zasad i terminów, a zatem unormowań materialnoprawnych i procesowych instytucji wznowienia postępowania, określonych w rozdziale 17, działu IV ustawy Ordynacja podatkowa /art. 240 do art. 246/ - w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2003 r. /a contrario z art. 24 powyższej ustawy z dnia 12 września 2002 r./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 5 października 2005 r. na rozprawie w Wydziale I Izby Finansowej skargi kasacyjnej "M." Sp. z o.o. z siedzibą w W. /uprzednio w K./ od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 18 października 2004 r. III SA 3179/03 w sprawie ze skargi "M." Sp. z o.o. z siedzibą w K. na decyzję Ministra Finansów z dnia 10 października 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy uchylenia, po wznowieniu postępowania, decyzji Izby Skarbowej w K. w sprawie podatku od towarów i usług - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Warszawie; (...).
Wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 18 października 2004, III SA 3179/03, oddalono skargi "M." Spółki z o.o. w K. na siedem decyzji Ministra Finansów z dnia 10 października 2003 r. (...) w przedmiocie odmowy uchylenia, po wznowieniu postępowania, siedmiu decyzji Izby Skarbowej w K. z dnia 30 września 2002 r. (...) w sprawie o podatku od towarów i usług za kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, wrzesień, październik i listopad 2000 r.
W uzasadnieniu tego wyroku Sąd stwierdził, że siedmioma decyzjami Izba Skarbowa w K. utrzymała w mocy decyzje Urzędu Skarbowego w O. odmawiające zwrotu podatku od towarów i usług za kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, wrzesień, październik i listopad 2000 r. Odmowę zwrotu podatku uzasadniono tym, że "Spółka jest czynnym podatnikiem podatku akcyzowego, regularnie składającym deklaracje dla podatku akcyzowego AKC-2". Rozstrzygnięcie Urzędu oparto między innymi na treści art. 14a ust. 7 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2000 r.
Skarżąca pismem z dnia 25 lipca 2002 r. wniosła o wznowienie postępowań w sprawach zakończonych ww. decyzjami Izby Skarbowej w K. Jako podstawę wniosku wskazała art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, art. 241 par. 1 oraz art. 244 par. 1 Ordynacji podatkowej w związku z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. K 45/01. Wnosiła też o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za przedmiotowe miesiące 2000 r., stosownie do art. 73 par. 2 pkt 1 w zw. z art. 72 par. 1 pkt 1, art. 77 par. 3 pkt 1 oraz 79 par. 2 pkt 1 lit. "b" Ordynacji podatkowej. Zdaniem Skarżącej zmiana art. 14a ustawy o podatku od towarów i usług, stanowiąca podstawę odmowy zwrotu podatku, ww. wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego uznana została za niezgodną z art. 2 Konstytucji RP. Skarżąca podnosiła również, że w 2000 r. posiadała status zakładu pracy chronionej. Wyjaśniła, że podjęła realizację ramowego planu inwestycyjnego na lata 1999-2003 i w związku z tym w latach 1999-2000 poniosła już szereg wydatków. Do wniosku załączyła m.in. dokumenty związane z uchwaleniem planu inwestycyjnego, a także przykładowe dowody poniesienia wydatków z nim związanych /faktury, umowy, dowody zapłaty/. Zdaniem Strony stanowią one dowód rozpoczęcia długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych, uzasadniających zastosowanie do niej ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego. Złożyła też korekty deklaracji VAT-7 za przedmiotowe miesiące.
Siedmioma decyzjami z dnia 30 września 2002 r. wydanymi na podstawie art. 245 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, Izba Skarbowa w K. odmówiła uchylenia swoich ostatecznych decyzji, utrzymujących w mocy decyzje Urzędu Skarbowego w O. o odmowie zwrotu podatku od towarów i usług. Stwierdziła, opierając się na treści ww. wyroku Trybunału Konstytucyjnego, że jego skutkiem nie jest utrata mocy obowiązującej art. 1 pkt 8 w zw. z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 95 poz. 1100/, a potwierdzenie obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych. Wskazała na art. 190 ust. 3 zdanie trzecie Konstytucji RP stanowiący, że w przypadku orzeczeń wiążących się z nakładami finansowymi nie przewidzianymi w ustawie budżetowej Trybunał Konstytucyjny określa termin utraty mocy obowiązującej aktu normatywnego po zapoznaniu się z opinią Rady Ministrów. Przedstawiła tryb zwrotu nadpłaty powstałej w wyniku prawomocnego orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego.