Wejście w życie ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 144 poz. 931/, nie uzasadnia wykładni, iż przed dniem 1 stycznia 1999 r. dla ustalenia tych samych okoliczności, przy tożsamym stanie faktycznym konieczne było dopuszczenie dowodu z opinii co najmniej dwóch biegłych, a po tej dacie wystarczy zasięgnięcie jednej opinii.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 14 kwietnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w L. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodek Zamiejscowy w Lublinie z dnia 9 października 2003 r. I SA/Lu 75/02 w sprawie ze skargi Spółki Akcyjnej Zakład Produkcji Skórzanej "E." z/s w Ch. na decyzję Izby Skarbowej w L. /Ośrodek Zamiejscowy w Z./ z dnia 27 grudnia 2001 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 1997 r. - uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę WSA w Lublinie do ponownego rozpoznania; (...).
Dyrektor Izby Skarbowej w L. wniósł skargę kasacyjną od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodek Zamiejscowy w Lublinie z dnia 9 października 2002 r. I SA/Lu 75/02 w sprawie ze skargi Zakładów Produkcji Skórzanej "E." S.A. w Ch. na decyzję Izby Skarbowej w L. Ośrodek Zamiejscowy w Z. z dnia 27 grudnia 2001 r. (...) w przedmiocie określenia podatku dochodowego od osób prawnych za 1997 r.
Wyrokowi temu zarzucił naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy:
1/ art. 22 ust. 1 pkt 1 i ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ poprzez przyjęcie, iż decyzja Izby Skarbowej narusza prawo materialne w sposób mający wpływ na wynik sprawy,
2/ art. 14 ust. 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ poprzez przyjęcie, iż jest to przepis prawa materialnego i należy go stosować w przedmiotowej sprawie według stanu prawnego obowiązującego w 1997 roku.
W skardze kasacyjnej zawarty został wniosek o uchylenie w całości zaskarżonego wyroku i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie. W skardze tej zawarty został także wniosek o zasądzenie od strony na rzecz organu kosztów postępowania według norm przepisanych.
Zaskarżonym wyrokiem Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżoną decyzję i zasądził od organu na rzecz strony skarżącej kwotę 32 567,60 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Tenże Sąd podzielił zarzut skargi, iż organy podatkowe dopuściły się naruszenia prawa materialnego - art. 14 ust. 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym w 1997 r.
Analizując treść tego przepisu NSA doszedł do przekonania, że wartość rynkową praw majątkowych będących przedmiotem umowy należy ustalić w oparciu o co najmniej dwie opinie biegłych powołanych przez organ podatkowy.
W rozpatrywanej sprawie, dla dokonania wyceny linii do produkcji tektury wraz z wytwornicą pary powołany został przez organ biegły dr inż. Kazimierz K., którego opinia była podstawą przyjęcia wartości rynkowej tej linii.
Wprawdzie Izba Skarbowa swoje wywody oparła także z uwzględnieniem opinii biegłych powołanych przez stronę dla ustalenia wartości zastawu bankowego, jednakże sporny przepis wymaga powołania biegłych przez organ, a nie stronę.
W uzasadnieniu skargi kasacyjnej pełnomocnik Dyrektora Izby Skarbowej wywodził, iż norma prawna dotycząca liczby biegłych, zawarta w art. 14 ust. 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych ma charakter procesowy, gdyż określa sposób postępowania organu podatkowego przy określeniu wartości rynkowej przedmiotu sprzedaży. Ponadto argumentował, iż procedura przewidziana w tym przepisie realizowana była w 2001 r. kiedy obowiązywała znowelizowana treść ustawy, albowiem sformułowanie "z uwzględnieniem opinii biegłych" zostało zastąpione zwrotem "z uwzględnieniem opinii biegłego lub biegłych". Uzasadnione jest zatem twierdzenie, że organ podatkowy w toku postępowania mógł procedować w oparciu o znowelizowany przepis.