Organy podatkowe mają nie tylko prawo ale i obowiązek oceny czynności cywilnoprawnych pod względem zgodności z przepisami prawa podatkowego.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 28 czerwca 2005 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Marka K. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodka Zamiejscowego w Bydgoszczy z dnia 25 listopada 2003 r. SA/Bd 1681/03 w sprawie ze skargi Marka K. na decyzję Izby Skarbowej w B. z dnia 6 marca 2003 r. (...) w przedmiocie restrukturyzacji w zakresie zaległości podatkowych - uchyla zaskarżony wyrok w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Bydgoszczy; (...).
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 25 listopada 2003 r. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie - Ośrodek Zamiejscowy w Bydgoszczy oddalił skargę Marka K. na decyzję Izby Skarbowej w Bydgoszczy dnia 6 marca 2003 r. w przedmiocie restrukturyzacji w zakresie zaległości podatkowych.
W uzasadnieniu zaskarżonego wyroku Sąd stwierdził, iż przedmiotem sporu jest odmowa objęcia postępowaniem restrukturyzacyjnym zaległości firmy skarżącego z tytułu podatku od towarów i usług za wrzesień i listopad 1998 r., jako zaległości podatkowych ustalonych w wyniku postępowania kontrolnego w związku z dokonywaniem czynności prawnych mających na celu obejście przepisów podatkowych. Podstawę materialnoprawną rozstrzygnięcia stanowi przepis art. 6 ust. 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. o restrukturyzacji niektórych należności publicznoprawnych od przedsiębiorców, który stanowi, że "nie podlegają restrukturyzacji również zaległości podatkowe i celne określone w decyzji właściwego organu podatkowego, organu celnego lub organu kontroli skarbowej oraz należności z tytułu składek na ubezpieczenie społeczne, składek na Fundusz Pracy i Fundusz Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych, wpłat do Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych oraz opłat i kar dla Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej określone w wyniku postępowania kontrolnego - jeżeli zaległości te określone zostały w związku z dokonywaniem czynności prawnych mających na celu obejście przepisów podatkowych, o należnościach celnych, o ubezpieczeniach społecznych lub przepisów dotyczących wymiaru i poboru tych należności".
Jak wynika z dołączonego do akt wyroku NSA z dnia 19 września 2003 r._/I SA/Gd 998/00/ Sąd oddalił skargę na decyzję Izby Skarbowej w B. z dnia 28 marca 2000 r. (...) w przedmiocie zaległości firmy skarżącego "A." w podatku od towarów i usług za wrzesień 1998 r. w kwocie 134.330 zł oraz odsetek od zaległości, uznając, że ustalenia faktyczne przeprowadzone w postępowaniu podatkowym wykazały, że skarżący nieprawidłowo zastosował zwolnienie od podatku VAT z tytułu zawartej w dniu 2 września 1998 r. umowy sprzedaży maszyn i urządzeń oraz samochodu osobowego, bowiem nie wykazał, wbrew twierdzeniom, że przedmiotowe towary były przez niego użytkowane przez okres co najmniej 6 miesięcy, przed zawarciem umowy sprzedaży, oceniając zawartą przez skarżącego umowę użyczenia z dnia 1 marca 1998 r. za zawartą w celu obejścia przepisów prawa podatkowego.
Odnośnie natomiast miesiąca listopada 1998 r. - ostateczną decyzją z dnia 28 lipca 2000 r. Pierwszy Urząd Skarbowy w Bydgoszczy określił skarżącemu kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe. Sąd stwierdził, iż w obu decyzjach podatkowych organy podatkowe ustaliły, że przeprowadzone, dokumentowane fakturami i fakturami korygującymi transakcje sprzedaży przedmiotowych maszyn i urządzeń z września 1998 r., a następnie weryfikowane kolejnymi sprzecznymi fakturami korygującymi, przeprowadzone były w celu obejścia przepisów podatkowych i uznane zostały za odzwierciedlające czynności, które nie zostały dokonane.