Artykuł 22 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ wymaga dokonania podziału przesłanek wznowienia postępowania administracyjnego na takie, które są tożsame z "naruszeniem prawa" /oczywiście prawa procesowego/, i na przesłanki, którym nie da się przypisać tej cechy. Tylko pierwsza z tak wyodrębnionych grup przesłanek jest miarodajna dla działania Naczelnego Sądu Administracyjnego i daje mu możliwość uchylenia decyzji.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Grzegorz Borkowski Sędziowie NSA Włodzimierz Kubiak Artur Mudrecki (spr.) Protokolant Natalia Prałat po rozpoznaniu w dniu 23 września 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Ministra Finansów od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 10 września 2003 r. sygn. akt III SA 380/03 w sprawie ze skargi TFL Spółka Akcyjna w Z. na decyzję Ministra Finansów z dnia 2 października 2001 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie do ponownego rozpoznania 2) zasądza od TFL Spółka Akcyjna w Z. na rzecz Ministra Finansów kwotę 400 zł /czterysta złotych/ tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Zaskarżonym skargą kasacyjną wyrokiem z dnia 10 września 2003 r. III SA 380/03 Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił decyzję Ministra Finansów z dnia 2 października 2001 r. (...), którą utrzymał w mocy zakwestionowaną w odwołaniu TFL S.A. w Z. własną decyzję z dnia 17 lipca 2001 r. odmawiającą stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji Izby Skarbowej w Z. z dnia 20 grudnia 2000 r. uchylającą decyzję (...) Urzędu Skarbowego w Z. z dnia 25 września 2000 r. w części dotyczącej zawyżenia w grudniu 1995 r. naliczonego podatku od towarów i usług oraz w części dotyczącej zawyżenia podatku należnego za ten miesiąc oraz określającej prawidłową kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zawyżenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, zaległość podatkową wraz z odsetkami, wysokość zobowiązania podatkowego na podstawie art. 33 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, wraz z odsetkami i ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
W motywach decyzji Minister Finansów nie zgodził się z twierdzeniami Spółki, że w świetle przepisu par. 1 ust. 1 zarządzenia Ministra Finansów z dnia 28 grudnia 1994 r. w sprawie zaniechania poboru podatku od towarów i usług od zakładów pracy chronionej /M.P. 1995 nr 2 poz. 27/ przywilej określony w tym przepisie dotyczy podatku do zapłaty wynikającego z przepisu art. 33 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. Za bezzasadny uznał też Minister Finansów zarzut, że Izba Skarbowa w Z. uchylając jedynie w części decyzję organu I instancji orzekała o całości przedmiotu sprawy wskazując, że decyzja Izby Skarbowej była decyzją merytoryczno-reformacyjną i w sprawie nie zachodzi sytuacja ostatecznego rozstrzygnięcia o tym samym przedmiocie w różnych decyzjach. Zdaniem Ministra Finansów nie zasługuje również na uwzględnienie argument, że ostateczna decyzja Izby Skarbowej w Z. w zakresie ustalającym dodatkowe zobowiązanie podatkowe została wydana mimo upływu terminu przedawnienia określonego w art. 68 par. 1 Ordynacji podatkowej. Decyzja ustalająca kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego nie jest bowiem decyzją samoistną, lecz następstwem wydania decyzji określającej prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego, a różnice poglądów orzecznictwa i doktryny w tej kwestii nie dyskwalifikują stanowiska Izby Skarbowej w Z. w kategorii rażącego naruszenia prawa.
Rażącego naruszenia prawa nie dopatrzył się też Minister Finansów w stanowisku Izby Skarbowej w Z. odnośnie naliczenia stronie odsetek od kwoty nienależnie zwróconej nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Zdaniem Ministra Finansów obowiązująca w podatku od towarów i usług zasada samoobliczania tego podatku i wpłacania go na rachunek urzędu skarbowego powoduje, że kwota nienależnie otrzymanego przez podatnika zwrotu podatku, dokonanego na podstawie przedstawionego przez niego samego nieprawidłowego rozliczenia oznacza, że zobowiązanie podatkowe ciążące na podatniku nie zostało uiszczone w terminie i w należnej wysokości, a tym samym stało się zaległością podatkową, od której pobiera się odsetki za zwłokę.