1. Art. 165 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ jest przepisem procesowym, który nie tworzy dla stron postępowania uprawnień do żądania wszczęcia postępowania nie wynikających dla nich z materialnego prawa podatkowego.
2. Wszczęcie postępowania na żądanie strony nastąpić może jedynie wówczas, gdy przepis prawa normuje możliwość żądania określonego zachowania się organu administracji. Jeśli jednak określone zachowanie organów podatkowych, przewidziane w art. 10 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, wynika z obowiązków ciążących na podatniku, wówczas wszczęcie postępowania może nastąpić tylko z urzędu. Tylko organ podatkowy z urzędu może określić zobowiązanie podatkowe inne niż wykazane w deklaracji, podatnik zaś może w warunkach określonych w przepisach prawa dokonać korekty zobowiązania wynikającego z deklaracji.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Sylwester Marciniak, Sędziowie NSA Krystyna Nowak, Stanisław Bogucki (spr.), Protokolant Krzysztof Kołtun, po rozpoznaniu w dniu 1 grudnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodek Zamiejscowy we Wrocławiu z dnia 25 września 2003 r. sygn. akt I SAB/Wr 30/02 wydanego w sprawie ze skargi Spółki z o.o. "S." z siedzibą w W. na bezczynność Urzędu Skarbowego w W. w przedmiocie rozliczenia podatku od towarów i usług oraz zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za poszczególne miesiące roku 1997. 1) uchyla zaskarżony wyrok i przekazuje sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu we Wrocławiu do ponownego rozpoznania, 2) zasądza od skarżącej Spółki na rzecz Naczelnika Urzędu Skarbowego w W. kwotę 280 zł /dwieście osiemdziesiąt złotych/ tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Naczelny Sąd Administracyjny Ośrodek Zamiejscowy we Wrocławiu, zaskarżonym wyrokiem z dnia 25 września 2003 r., I SAB/Wr 30/02 /doręczonym Urzędowi Skarbowemu w W. w dniu 30 października 2003 r./, zobowiązał Urząd Skarbowy w W. do rozliczenia podatku od towarów i usług oraz zwrotu nadwyżki podatku nad należnym, poprzez wydanie decyzji za miesiące marzec, maj i lipiec 1997 r., zasądzając od tegoż Urzędu na rzecz spółki z o.o. "S." w W. kwotę 5 zł tytułem kosztów postępowania sądowego.
Uzasadniając rozstrzygnięcie, Sąd stwierdził, że spółka "S." wystąpiła w dniu 18 listopada 2000 r. z wnioskiem o wszczęcie postępowania i wydanie decyzji wymiarowych za cały rok 1997 oraz orzeczenie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za wszystkie miesiące tego roku.
W skardze na bezczynność, skierowanej do Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodek Zamiejscowy we Wrocławiu, spółka "S." wywodziła, że mimo wniosku o wszczęcie postępowania, obejmującego wszystkie miesiące roku, Urząd Skarbowy wszczął i przeprowadził postępowanie jedynie odnośnie kilku miesięcy, zaś decyzje w tych sprawach są przedmiotem skarg do sądu administracyjnego.
Odpowiadając na skargę, Urząd Skarbowy wnosił o jej oddalenie. Przedstawiając kolejność czynności w postępowaniach podatkowych, wszczętych i przeprowadzonych za wskazany okres, organ podatkowy stwierdził, że wszystkie postępowania zostały zakończone, zaś spółka "S." nie ma podstaw do domagania się zwrotu nadwyżki podatku, gdyż nierozliczony zwrot nie istnieje. Ponadto Urząd Skarbowy w W. podniósł, że ww. spółka wniosła skargi na bezczynność tegoż Urzędu do Izby Skarbowej w W. oraz do Ministra Finansów, które uznały obydwie skargi za bezzasadne.
Rozpatrując skargę na bezczynność, Sąd w zaskarżonym wyroku stwierdził, powołując się na art. 165 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ i art. 10 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, że nie można zgodzić się ze stanowiskiem Urzędu Skarbowego, że nie istniały przepisy prawa materialnego i procesowego uprawniające podatnika do żądania wszczęcia postępowania, zainicjowanego wnioskiem podatnika z dnia 18 listopada 2000 r. Sąd wyraził pogląd, że postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu, zaś sformułowanie art. 10 ust. 1 ww. ustawy pozwala na przyjęcie wniosku, że określenie przez urząd skarbowy kwoty podatku w innej wysokości niż wynikająca z deklaracji może wystąpić w wyniku wszczęcia postępowania w tym przedmiocie zarówno z urzędu, jak i na wniosek podatnika. Różne mogą być bowiem przyczyny zakwestionowania deklaracji podatkowej, gdyż mogą zdarzyć się takie, które uszły uwagi organu podatkowego.
Za bezpodstawne Sąd w zaskarżonym wyroku uznał jednak żądanie strony odnośnie tych miesięcy, co do których organ podatkowy wszczął już postępowanie z urzędu, zakończone decyzjami ostatecznymi. Zdaniem Sądu, organ podatkowy był natomiast zobowiązany do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania za marzec, maj i lipiec 1997 r., gdyż za te miesiące decyzje określające zobowiązanie w podatku od towarów i usług nie zostały wydane, a to wobec nie zakwestionowania przez Urząd Skarbowy deklaracji podatkowych sporządzonych za te okresy. Sąd wyraził pogląd, że dopiero przeprowadzone postępowanie może doprowadzić do ustalenia, czy istotnie kwoty podatku oraz kwoty zwrotu różnicy podatku wynikające z deklaracji, zostały właściwie w deklaracjach rozliczone. To ustalenie pozwoli zaś na stwierdzenie, czy rzeczywiście istnieje kwota nadpłaconego podatku do zwrotu, której określenia domaga się spółka "S.", przy czym zaistniałyby wówczas podstawy do wzruszenia w trybie nadzwyczajnym decyzji, stwierdzającej brak nadpłaty w podatku od towarów i usług za wskazane wyżej miesiące 1997 r. Sąd zwrócił również uwagę, że stan dowodowy sprawy nie pozwala na stwierdzenie, czy nie doszło w tej sprawie do przedawnienia w rozumieniu art. 70 par. 1 ustawy - Ordynacja podatkowa. Stąd też wynika sformułowanie sentencji wyroku, w którym nałożono na organ obowiązek wydania decyzji bez sprecyzowania rodzaju rozstrzygnięć, które wynikną zapewne z ustaleń przeprowadzonego postępowania administracyjnego, wszczętego wnioskiem z dnia 18 listopada 2000 r.