Instytucja wznowienia postępowania co do decyzji wydanych na podstawie przepisów prawnych, które utraciły moc, zostały uchylone bądź zmienione w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, może być stosowana dopiero począwszy od dnia 1 stycznia 2003 r.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędziowie NSA Włodzimierz Kubiak (spr.), Krzysztof Stanik, Protokolant Ewa Głowacka, po rozpoznaniu w dniu 2 grudnia 2004 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Przedsiębiorstwa Hodowli Zarodowej i Nasiennictwa "D." Sp. z o.o. z siedzibą w D. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 20 sierpnia 2003 r., sygn. akt III SA 2639/02 w sprawie ze skargi Przedsiębiorstwa Hodowli Zarodowej i Nasiennictwa "D." Sp. z o.o. z siedzibą w D. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 19 września 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w podatku akcyzowym 1. oddala skargę kasacyjną 2. zasądza od skarżącej Spółki na rzecz Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej kwotę 120 /sto dwadzieścia/ złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego 3. zarządza zwrot z kasy Naczelnego Sądu Administracyjnego na rzecz skarżącej Spółki kwoty 502 /pięćset dwa/ złotych tytułem zwrotu nadpłaconego wpisu od skargi kasacyjnej.
Wyrokiem z dnia 20 sierpnia 2003 r. III SA 2639/02 Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Przedsiębiorstwa Hodowli Zarodowej i Nasiennictwa "D." Sp. z o.o. z siedzibą w D. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia 19 września 2002 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w podatku akcyzowym.
W motywach wyroku Sąd podał, że inspektor kontroli skarbowej, po przeprowadzeniu kontroli, decyzją z dnia 8 czerwca 2001 r. określił skarżącej Spółce podatek akcyzowy za miesiące od sierpnia do grudnia 1998 r. od zużytego do napędu pojazdów oleju opałowego. W podstawie prawnej rozstrzygnięcia inspektor powołał się na przepis par. 2b ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 5 stycznia 1998 r. w sprawie podatku akcyzowego /Dz.U. nr 2 poz. 3 ze zm./ w związku z art. 35 ust. 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. W świetle powołanych przepisów prawa podatnikami podatku akcyzowego są również osoby fizyczne, jednostki organizacyjne nie mające osobowości prawnej oraz osoby prawne sprzedające lub zużywające olej opałowy dla celów innych niż opałowe.
Decyzja inspektora kontroli skarbowej z dnia 8 czerwca 2001 r. stała się ostateczną, gdyż skarżąca Spółka w ustawowym terminie nie wniosła od niej odwołania.
Pismem z dnia 11 marca 2002 r. Spółka wniosła do Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej wniosek o stwierdzenie nieważności decyzji inspektora kontroli skarbowej, jako wydanej z rażącym naruszeniem przepisu art. 35 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Decyzją z dnia 28 czerwca 2002 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej wniosku Spółki nie uwzględnił, odmawiając stwierdzenie nieważności wymienionej decyzji inspektora kontroli skarbowej, gdyż nie dopatrzył się, aby decyzja ta została wydana z rażącym naruszeniem prawa. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, decyzją z dnia 19 września 2002 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej utrzymał w mocy swoją poprzednią decyzje z dnia 28 czerwca 2002 r.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Spółka wniosła o stwierdzenie nieważności zarówno decyzji wydanej przez inspektora kontroli skarbowej jak i decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, jako podjętych z rażącym naruszeniem przepisów art. 34 ust. 1 i art. 35 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz art. 123 par. 1 i art. 200 par. 1 Ordynacji podatkowej.
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie oddalając skargę, w zaskarżonym wyroku zwrócił uwagę, że sprawa z wniosku Spółki prowadzona była w trybie nadzwyczajnym w przedmiocie stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji, co powoduje określone konsekwencje zarówno dla organu rozpoznającego wniosek w tej sprawie jak i Sąd rozpoznający skargę. Jeżeli chodzi o Sąd, to możliwości odmowy zastosowania przepisu podustawowego, jako sprzecznego z Konstytucją i ustawą istnieją jedynie w postępowaniu prowadzonym w trybie zwykłym, to jest ze skargi na decyzję odwoławczą w przedmiocie wymiaru podatku. W takim też trybie zostały wydane załączone do skargi wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego.