1. Skoro zatem dopiero na podstawie art. 52 par. 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, a więc dopiero od 1 stycznia 1998 r. istnieje obowiązek traktowania nienależnego lub nadmiernego zwrotu podatku "na równi z zaległością podatkową" - to naliczenie odsetek z tego tytułu za okresy sprzed 1 stycznia 1998 r. uznać trzeba za przejaw niedopuszczalnego, wstecznego działania tego przepisu.
2. W stanie prawnym obowiązującym do końca 2002 r., termin do wydania decyzji ustalającej dodatkowe zobowiązania podatkowe wynosił trzy lata, licząc od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku od towarów i usług.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Spółki Akcyjnej "C." w K. od wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego - Ośrodek Zamiejscowy w Katowicach z dnia 24 września 2002 r., I SA/Ka 1566-1569/01 w sprawie ze skargi Spółki Akcyjnej "C." w K. na decyzje Izby Skarbowej w G. z dnia 29 czerwca 2001 r. (...) w przedmiocie określenia wysokości podatku od towarów i usług oraz ustalenia dodatkowego zobowiązania w tym podatku - uchyla zaskarżony wyrok w części dotyczącej decyzji Izby Skarbowej w K. z dnia 29 czerwca 2001 r. (...) oraz (...) i w tym zakresie przekazuje sprawę do ponownego rozpoznania WSA w Gliwicach.
Decyzjami z dnia 29 czerwca 2001 r. (...) Izba Skarbowa w K. utrzymała w mocy zakwestionowane w odwołaniach Spółki Akcyjnej "C." z K. /będącej następcą prawnym Spółki Przemysłowo-Handlowej z o.o. "C."/ decyzje Inspektora Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 17 listopada 2000 r. określające za listopad i grudzień 1994 r. prawidłową kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług, kwotę zaległości podatkowej z tytułu zawyżenia kwoty zwrotu różnicy podatku od towarów i usług oraz odsetki za zwłokę.
Ponadto decyzjami z tej samej daty (...) Izba Skarbowa w K. utrzymała w mocy decyzje Inspektora Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 17 listopada 2000 r. ustalające kwoty dodatkowego zobowiązania podatkowego za listopad i grudzień 1994 r.
Uzasadniając decyzje wymiarowe organ odwoławczy wskazał, że dokonanie rozliczenia zwrotu różnicy podatku VAT w wysokości innej, niż uczynił to podatnik było następstwem ustalenia, że w listopadzie i grudniu 1994 r. doszło do jej zawyżenia w wyniku odliczenia podatku naliczonego z faktur otrzymanych od Zakładu Pracy Chronionej "H." Sp. z o.o. z W. w związku z zakupem programowania komputerowego "Katia dla Windows" w wersji 1, 2, 5 i 10 stanowiskowej. Powołując się na ustalenia dokonane przez organ kontroli Izba Skarbowa uznała, że transakcje dotyczące obrotu wymienionym oprogramowaniem, w tym eksportu, były tylko pretekstem do ubiegania się o zwrot podatku od towarów i usług. Ocena całokształtu okoliczności wiążących się z tymi transakcjami, zbadanie przepływu towarowego i finansowego, a także ujawnienie powiązań osobowych i kapitałowych poszczególnych faz tego obrotu, łącznie ze szczegółami zarządzania firmami zagranicznymi, dały podstawę do przyjęcia, iż przeprowadzone transakcje były pozorne i bez udziału Spółki "C." niemożliwe było zrealizowanie celu zamierzonego przedsięwzięcia. Konstrukcje cywilnoprawne nie mogą zaś być wykorzystywane do uchylania się od obowiązków podatkowych. Podstawą prawną pozbawienia prawa do odliczenia podatku naliczonego był art. 19 ust. 1, art. 25 ust. 1 pkt 4 lit. "a" i art. 32 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Z treści powołanego art. 19 ust. 1 ustawy wynika, że nabycie towarów i usług musi być ważną czynnością prawną, a w wyniku kontroli ustalono, że obrót oprogramowaniem był obrotem pozornym. Zatem faktura dokumentująca czynność pozorną nie odpowiada wymogom art. 31 ust. 1 ustawy o VAT i nie posiada cech rzetelności, co pozbawia podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z takiej faktury.