Skoro art. 330 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ reguluje kwestię zwrotu nadpłat, to tylko w tym zakresie nakazuje w dalszym ciągu stosować do zdarzeń mających miejsce przed 1 stycznia 1998 r. przepisy ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./. Nie odwołuje się on więc ogólnie do tej ustawy, a jedynie do niektórych, konkretnie wskazanych, zawartych w niej norm.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 29 września 2005 r. na rozprawie w Wydziale II Izby Finansowej skargi kasacyjnej Marii i Jacka M. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 30 kwietnia 2004 r., III SA 2551/02 w sprawie ze skargi Marii i Jacka M. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 12 sierpnia 2002 r. w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty opłaty skarbowej - oddala skargę kasacyjną; (...).
Wyrokiem z dnia 30 kwietnia 2004 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę Marii M. i Jacka M. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 12 sierpnia 2002 r.
Decyzją tą Izba Skarbowa utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego W. z dnia 27 czerwca 2002 r., odmawiającą małżonkom Marii i Jackowi M. zwrotu opłaty skarbowej od umowy pożyczki, zawartej między skarżącymi a Towarzystwem Finansowym S. Opłata ta została określona decyzją, skierowaną do obu stron umowy i wydaną przez Urząd Skarbowy W. w dniu 26 września 1997 r. Decyzja ta została następnie uchylona w całości, a postępowanie wymiarowe umorzone przez organ odwoławczy decyzją z dnia 5 lutego 2002 r. Małżonkowie M. zapłacili opłatę skarbową, określoną w decyzji z 26 czerwca 1997 r. w dniu 23 października 1997 r., 3 czerwca 2003 r. ich pełnomocnik złożył w ich imieniu wniosek o zwrot opłaty. Odmawiając stwierdzenia nadpłaty organy podatkowe wskazały, iż zgodnie z art. 29 ust. 2 lit. "c" ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych za datę powstania nadpłaty uważa się datę dokonania zapłaty podatku /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./. Nadpłata nie podlega zwrotowi po upływie 3 lat, licząc od końca roku, w którym powstała /art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych/. W tym przypadku zatem termin zwrotu nadpłaty upłynął w dniu 31 grudnia 2000 r. Termin przedawnienia nie uległ w tym przypadku ani przerwaniu, ani zawieszeniu na czas sądowoadministracyjnej weryfikacji decyzji podatkowej.
W skardze małżonkowie M. zarzucili rażące naruszenie przepisów prawa materialnego poprzez pominięcie art. 341 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./, co skutkowało wydaniem decyzji na podstawie niewłaściwych przepisów - art. 29 ust. 2 lit. "c" i art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, podczas gdy właściwą podstawę rozstrzygnięcia winien stanowić art. 78 par. 1 oraz par. 3 Ordynacji podatkowej.
Uznając skargę za bezzasadną Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził, iż w rozpoznawanej sprawie mają zastosowanie przepisy ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Wynika to jednoznacznie z treści art. 330 Ordynacji podatkowej stanowiącego, iż zwrot nadpłat powstałych przed dniem wejścia w życie Ordynacji podatkowej, dokonywany jest na podstawie przepisów ustawy o zobowiązaniach podatkowych. Zgodnie z art. 29 ust. 2 lit. "c" tej ostatniej ustawy za dzień powstania nadpłaty uważa się datę dokonania zapłaty podatku. W rozpoznawanej sprawie jest to 23 października 1997 r. Stosownie do art. 29 ust. 4 ustawy o zobowiązaniach podatkowych nadpłata nie podlega zwrotowi po upływie 3 lat, licząc od końca roku, w którym powstała. Skoro termin wskazany w powołanym przepisie upłynął, nadpłata nie podlega zwrotowi i nie można zgłosić żądania jej zwrotu. Bez znaczenia jest fakt, iż w tym czasie toczyło się postępowanie sądowoadministracyjne dotyczące prawidłowości decyzji wymiarowej. Z tych względów Sąd na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz.U. nr 153 poz. 1270/ skargę oddalił.